当前解析结果
SmilChr05G002548| 统一新 Gene ID | SmilChr05G002548 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G002548 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr05G002548 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 28522320 - 28523873 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131025750 |
|---|---|
| GeneID | 131025750 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131025750 |
| 原始查询 | LOC131025750 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=weak |
| 产物 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=weak |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os06g0523701- identity=33.7; qcov=0.244; evalue=2.37e-11; confidence=weak |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131025750 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057811519.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.20000 | XP_057811519.1 |
| 3 | Telomere | 端粒 | 0.20000 | XP_057811519.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057811519.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057811519.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:28522346 |
AAC |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 2 | A9,B110 |
Chr5:28522346 |
AAC |
A |
2bp_deletion | CDS_variant | 2 | A9,B110 |
Chr5:28522356 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B112 |
Chr5:28522357 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A18,B117,C68 |
Chr5:28522372 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 28 | A18,A20,B103,B119,B128,B137,B138,B139,B17,B2,B32,B38,B5,B54,B64,B69,B70,B8,B88,B97,C16,C29,C36,C47,C49,C74,D1,D9 |
Chr5:28522390 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | A20 |
Chr5:28522390 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | A20 |
Chr5:28522523 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B136,B27 |
Chr5:28522554 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 15 | A20,A8,B111,B135,B139,B2,B47,B83,C24,C30,C47,C56,C59,C74,C86 |
Chr5:28522562 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | B102 |
Chr5:28522562 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B102 |
Chr5:28522568 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C74 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。