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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002563

染色体: Chr05 坐标: 28796877-28798817 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002563
名称SmilChr05G002563
描述receptor-like protein 36
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向28796877 - 28798817 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025755
GeneID131025755
locus_tag-
NCBI NameLOC131025755
原始查询LOC131025755

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 36
产物receptor-like protein 36
ArabidopsisAT4G13810 (RLP47)
receptor like protein 47 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827015]
identity=36.6; qcov=1.01; evalue=2.52e-97; confidence=medium
RiceOs12g0211500
-
identity=41.2; qcov=0.872; evalue=1.79e-119; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13516 (LRR_6); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025755

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057811525.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057811525.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811525.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811525.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811525.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:28797118 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B115
Chr5:28797180 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr5:28797217 CAA C 2bp_deletion frameshift_variant 50 A11,A15,A16,A19,A21,A22,A4,A6,A9,B114,B123,B129,B130,B17,B19,B20,B27,B29,B30,B35,B36,B39,B4,B42,B55,B60,B79,B80,B81,B87,C16,C17,C25,C30,C32,C35,C42,C49,C53,C60,C61,C68,C74,C81,C82,D3,D4,D5,D7,D9
Chr5:28797221 C CTT 2bp_insertion frameshift_variant 48 A11,A15,A16,A19,A21,A22,A4,A6,A9,B114,B123,B129,B130,B17,B19,B20,B27,B29,B30,B35,B36,B39,B4,B42,B55,B60,B69,B80,B81,B87,C17,C25,C30,C32,C35,C42,C49,C53,C60,C61,C68,C74,C81,C82,D3,D4,D5,D7
Chr5:28797226 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B17,B29
Chr5:28797231 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 18 A22,A6,A8,B111,B129,B134,B137,B35,B60,B7,B83,C10,C11,C31,C58,C69,C8,D4
Chr5:28797421 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B23,D1,D3
Chr5:28797447 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C74,C86
Chr5:28797482 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A6,B5,B74
Chr5:28797714 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 4 B55,B56,B65,B96
Chr5:28797714 CG C 1bp_deletion CDS_variant 4 B55,B56,B65,B96
Chr5:28797794 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B55,B56,B65,B96

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811525.1
646 aa
N
1
323
646
LRRNT_2
LRR_1
LRR_6
LRR_6
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 33-74 aa PF00560 LRR_1 126-148 aa PF13516 LRR_6 173-186 aa PF13516 LRR_6 218-233 aa PF00560 LRR_1 219-240 aa PF00560 LRR_1 315-335 aa PF00560 LRR_1 387-409 aa PF00560 LRR_1 527-547 aa PF13855 LRR_8 527-584 aa PF00560 LRR_1 550-571 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811525.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 33 74 3.5e-07 31.1 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057811525.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 126 148 1.3e-40 129.3 Leucine Rich Repeat
XP_057811525.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 173 186 2.5e-09 37.2 Leucine Rich repeat
XP_057811525.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 218 233 2.5e-09 37.2 Leucine Rich repeat
XP_057811525.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 219 240 1.3e-40 129.3 Leucine Rich Repeat
XP_057811525.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 315 335 1.3e-40 129.3 Leucine Rich Repeat
XP_057811525.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 387 409 1.3e-40 129.3 Leucine Rich Repeat
XP_057811525.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 527 547 1.3e-40 129.3 Leucine Rich Repeat
XP_057811525.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 527 584 5.8e-26 90.8 Leucine rich repeat
XP_057811525.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 550 571 1.3e-40 129.3 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955542.1
ATGCCAATTTATTTGCTTCAACACCTTTTTATCATCTCTTTAACTTCAACAATTATTTGCCAAACAAATTTTGGTCACGCATACAACTTATGCCAAGATGACCAGAAAATATTGTTACTTGAGCTGAAGAAGGAGTTGAAATTCAGTTCTTTTGTTGCAAGAAAATTGGTGCAATGGAATAAGAGCGATGATTGTTGCGAGTGGGAAGGTGTGGGATGCGACGCTGCAGGCCATGTTGTGAGTCTGCAACTCGACAACCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025755
ATGCCAATTTATTTGCTTCAACACCTTTTTATCATCTCTTTAACTTCAACAATTATTTGCCAAACAAATTTTGGTCACGCATACAACTTATGCCAAGATGACCAGAAAATATTGTTACTTGAGCTGAAGAAGGAGTTGAAATTCAGTTCTTTTGTTGCAAGAAAATTGGTGCAATGGAATAAGAGCGATGATTGTTGCGAGTGGGAAGGTGTGGGATGCGACGCTGCAGGCCATGTTGTGAGTCTGCAACTCGACAACCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811525.1
MPIYLLQHLFIISLTSTIICQTNFGHAYNLCQDDQKILLLELKKELKFSSFVARKLVQWNKSDDCCEWEGVGCDAAGHVVSLQLDNQGISGGIENSSSLVSLDYLEKLNFAHNSINGSIPTLNLSNLIELDLSSNQLNGPISDSFINLVSLEVLSLSNNLFTGIFQLQNIQKLHNLTTLNLSQNNFSIDAAGSISSQIKKLSLSSCNLQKFPDFLKQSNLNFLDLSHNQITGEIPSWIWEMGNGDLYHLNLSYNALIDLQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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