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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002564

染色体: Chr05 坐标: 28810236-28812665 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002564
名称SmilChr05G002564
描述receptor like protein 22-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向28810236 - 28812665 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025756
GeneID131025756
locus_tag-
NCBI NameLOC131025756
原始查询LOC131025756

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor like protein 22-like
产物receptor like protein 22-like
ArabidopsisAT2G33060 (RLP27)
receptor like protein 27 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817868]
identity=37.2; qcov=0.908; evalue=2.45e-110; confidence=medium
RiceOs01g0132100
-
identity=41.2; qcov=0.851; evalue=3.02e-132; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13516 (LRR_6); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025756

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057811526.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057811526.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811526.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811526.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811526.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:28810475 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B68,C48
Chr5:28810506 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B23
Chr5:28810545 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B105,B19,B99,C87
Chr5:28810608 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C32,C68
Chr5:28810863 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,B46
Chr5:28811223 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr5:28811350 CAT C 2bp_deletion frameshift_variant 5 B110,B58,B6,B83,C83
Chr5:28811350 CAT C 2bp_deletion CDS_variant 5 B110,B58,B6,B83,C83
Chr5:28811353 T TGA 2bp_insertion frameshift_variant 5 B110,B58,B6,B83,C83
Chr5:28811353 T TGA 2bp_insertion CDS_variant 5 B110,B58,B6,B83,C83
Chr5:28811356 A ACC 2bp_insertion frameshift_variant 5 B110,B58,B6,B83,C83
Chr5:28811356 A ACC 2bp_insertion CDS_variant 5 B110,B58,B6,B83,C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811526.1
752 aa
N
1
376
752
LRRNT_2
LRR_1
LRR_6
LRR_8
LRR_1
LRR_6
LRR_1
LRR_6
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_6
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 30-72 aa PF00560 LRR_1 103-124 aa PF13516 LRR_6 147-160 aa PF13855 LRR_8 147-208 aa PF00560 LRR_1 148-170 aa PF13516 LRR_6 195-209 aa PF00560 LRR_1 197-215 aa PF13516 LRR_6 245-260 aa PF00560 LRR_1 246-267 aa PF00560 LRR_1 295-311 aa PF00560 LRR_1 341-361 aa PF13516 LRR_6 364-378 aa PF00560 LRR_1 366-384 aa PF13855 LRR_8 390-449 aa PF00560 LRR_1 415-436 aa PF00560 LRR_1 557-577 aa PF00560 LRR_1 579-601 aa PF13855 LRR_8 579-638 aa PF00560 LRR_1 604-625 aa PF00560 LRR_1 628-645 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811526.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 30 72 1.5e-07 32.3 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057811526.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 103 124 3.2e-46 146.0 Leucine Rich Repeat
XP_057811526.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 147 160 5.4e-15 54.9 Leucine Rich repeat
XP_057811526.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 147 208 6.3e-38 129.1 Leucine rich repeat
XP_057811526.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 148 170 3.2e-46 146.0 Leucine Rich Repeat
XP_057811526.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 195 209 5.4e-15 54.9 Leucine Rich repeat
XP_057811526.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 197 215 3.2e-46 146.0 Leucine Rich Repeat
XP_057811526.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 245 260 5.4e-15 54.9 Leucine Rich repeat
XP_057811526.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 246 267 3.2e-46 146.0 Leucine Rich Repeat
XP_057811526.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 295 311 3.2e-46 146.0 Leucine Rich Repeat
XP_057811526.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 341 361 3.2e-46 146.0 Leucine Rich Repeat
XP_057811526.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 364 378 5.4e-15 54.9 Leucine Rich repeat
XP_057811526.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 366 384 3.2e-46 146.0 Leucine Rich Repeat
XP_057811526.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 390 449 6.3e-38 129.1 Leucine rich repeat
XP_057811526.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 415 436 3.2e-46 146.0 Leucine Rich Repeat
XP_057811526.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 557 577 3.2e-46 146.0 Leucine Rich Repeat
XP_057811526.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 579 601 3.2e-46 146.0 Leucine Rich Repeat
XP_057811526.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 579 638 6.3e-38 129.1 Leucine rich repeat
XP_057811526.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 604 625 3.2e-46 146.0 Leucine Rich Repeat
XP_057811526.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 628 645 3.2e-46 146.0 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955543.1
ATGACAATTTATTTGCTTCCGCAGTTTTCCGTCGTCTCTTTAATTTTAATTACTATTATTAGCACAACAAATTCCAATCAATGCCTCGATGAGCAGAAAATATTGTTACTTGAGCTGAAAAACAACTTAACGTTTGATTCCTCTGTTTCAAGAAAACTAGTGCAGTGGGATGGGATCGAAGAAGATTGTTGCAAGTGGGAAGGCGTGGAATGCGACGCTGCAGGCCATGTTATCAATTTGCAGCTCGACTACGAGTCTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025756
ATGACAATTTATTTGCTTCCGCAGTTTTCCGTCGTCTCTTTAATTTTAATTACTATTATTAGCACAACAAATTCCAATCAATGCCTCGATGAGCAGAAAATATTGTTACTTGAGCTGAAAAACAACTTAACGTTTGATTCCTCTGTTTCAAGAAAACTAGTGCAGTGGGATGGGATCGAAGAAGATTGTTGCAAGTGGGAAGGCGTGGAATGCGACGCTGCAGGCCATGTTATCAATTTGCAGCTCGACTACGAGTCTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811526.1
MTIYLLPQFSVVSLILITIISTTNSNQCLDEQKILLLELKNNLTFDSSVSRKLVQWDGIEEDCCKWEGVECDAAGHVINLQLDYESLSGMVENLSTLSRLIYLERLNLAYNSLNGSIPPSLFGLPLLQQLKLNNNNFSGEFPSLTLSHLEELDLSNNRLEGPIPDSFFKLESLQLVSLSNNFFNDTFQLGKMRKLRNLTTLDLSYNNLSVDASSINSSFPTFPQFYQLSLVSCNLSSFPDLRNQSNLRFLDLSNNRIGGE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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