当前解析结果
SmilChr05G002685| 统一新 Gene ID | SmilChr05G002685 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G002685 |
| 描述 | glycine-rich cell wall structural protein 1.0-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 30488522 - 30488929 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131025791 |
|---|---|
| GeneID | 131025791 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131025791 |
| 原始查询 | LOC131025791 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | glycine-rich cell wall structural protein 1.0-like |
| 产物 | glycine-rich cell wall structural protein 1.0-like |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131025791 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057811562.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057811562.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057811562.1 |
| 4 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.20000 | XP_057811562.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057811562.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:30488551 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C87 |
Chr5:30488557 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C87 |
Chr5:30488558 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A21,B112 |
Chr5:30488582 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B122,B136,C70 |
Chr5:30488585 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B2,C50,C55,C58,D9 |
Chr5:30488589 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A3,A8,B69,B75 |
Chr5:30488604 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A1,B32 |
Chr5:30488609 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 37 | A24,B100,B103,B108,B112,B117,B118,B125,B13,B132,B136,B18,B2,B30,B31,B36,B6,B63,B65,B78,B80,B84,B89,B92,C20,C22,C26,C3,C30,C33,C35,C40,C51,C54,C73,C76,D4 |
Chr5:30488622 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A5,D9 |
Chr5:30488632 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 10 | A21,B12,B32,B82,C18,C37,C86,C87,D4,D5 |
Chr5:30488684 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C49 |
Chr5:30488685 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B45 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。