Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002688`

染色体: Chr05 坐标: 30556365-30557294 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002688`
名称	SmilChr05G002688
描述	uncharacterized SmilChr05G002688
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	30556365 - 30557294 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025793`
GeneID	`131025793`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025793`
原始查询	`LOC131025793`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os06g0523701` - identity=43.5; qcov=0.239; evalue=2.66e-13; confidence=weak
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025793

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057811565.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057811565.1`
3	Telomere	端粒	0.40000	`XP_057811565.1`
4	Chromosome	染色体	0.20000	`XP_057811565.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811565.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:30556422`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B130,B76,B98,C36,C9
`Chr5:30556423`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C1,C29
`Chr5:30556453`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A7,B30,B55
`Chr5:30556459`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A7,B55
`Chr5:30556490`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B83
`Chr5:30556507`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A14,B105,B26,B9,C48
`Chr5:30556621`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	90	A11,A15,A16,A20,A22,A23,A4,A8,B1,B101,B102,B105,B110,B111,B115,B118,B12,B120,B121,B122,B126,B128,B135,B137,B14,B140,B17,B19,B22,B23,B25,B32,B35,B38,B39,B42,B43,B44,B47,B48,B54,B55,B56,B60,B65,B66,B67,B68,B7,B70,B71,B79,B80,B85,B86,B89,B94,B96,C13,C15,C16,C2,C23,C26,C27,C36,C38,C39,C48,C53,C54,C56,C60,C61,C62,C64,C65,C66,C7,C77,C79,C81,C85,C87,D1,D10,D11,D2,D3,D9
`Chr5:30556623`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	85	A15,A16,A20,A22,A23,A4,A8,B1,B101,B102,B105,B110,B111,B115,B118,B12,B120,B121,B122,B126,B128,B135,B137,B140,B17,B19,B22,B23,B25,B32,B35,B39,B42,B43,B44,B47,B48,B54,B55,B56,B60,B67,B68,B7,B70,B71,B79,B86,B89,B94,B96,C13,C15,C2,C23,C26,C27,C36,C38,C39,C48,C53,C54,C56,C58,C60,C61,C62,C64,C65,C66,C7,C77,C79,C80,C81,C85,C87,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D9
`Chr5:30556673`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B54,C23
`Chr5:30556794`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B35,C85
`Chr5:30556795`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C2
`Chr5:30556813`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	6	B114,B57,B6,B93,C21,C36

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955582.1
ATGCATAACATAGTTCACGTAGATGAGAAATGGTTCTACATGACAAAGGATTCACATCGTTTTTATCTCACACAAGAGGAGATTGAACCACACAGGAGCTGTAAAAGCAAAAATCACATCATCAAGGTGATGTTCATGTGTGCGGTATTTTCCCATTCACAGAGTCTGTTCCAGCTAAAAGAAGGATTAAGTACAGAGCAGCAAGGTACTCTAGAGACAAAACCAGTGCAGTCTATAACACAACAGGTGACTAGACAGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025793
ATGCATAACATAGTTCACGTAGATGAGAAATGGTTCTACATGACAAAGGATTCACATCGTTTTTATCTCACACAAGAGGAGATTGAACCACACAGGAGCTGTAAAAGCAAAAATCACATCATCAAGGTGATGTTCATGTGTGCGGTATTTTCCCATTCACAGAGTCTGTTCCAGCTAAAAGAAGGATTAAGTACAGAGCAGCAAGGTACTCTAGAGACAAAACCAGTGCAGTCTATAACACAACAGGTGACTAGACAGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811565.1
MHNIVHVDEKWFYMTKDSHRFYLTQEEIEPHRSCKSKNHIIKVMFMCAVFSHSQSLFQLKEGLSTEQQGTLETKPVQSITQQVTRQMFINKIIPAVMTKWPRNASKLIFIQQDNAKPHITDSDLEFRQAATQNGFDIRLIQQPPNSPDTNVNDLGWFRAIQSIQEETACTSVDQLVNAVCKSFMELSPVALNKVFLSLQGCMIETMKIKGHNAYKLPHMKKDALIRQNALPITLEVDKNLVNECINHMIQSGEEATMQD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器