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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002737

染色体: Chr05 坐标: 31543732-31547354 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002737
名称SmilChr05G002737
描述receptor-like protein 36
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向31543732 - 31547354 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025802
GeneID131025802
locus_tag-
NCBI NameLOC131025802
原始查询LOC131025802

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 36
产物receptor-like protein 36
ArabidopsisAT4G20140 (GSO1)
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827760]
identity=36.3; qcov=0.871; evalue=1.4e-119; confidence=medium
RiceOs07g0498400
-
identity=33.6; qcov=0.91; evalue=8.2e-107; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025802

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057811575.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057811575.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811575.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811575.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811575.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:31543749 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B40,C59,C62
Chr5:31543758 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B40,C59,C62
Chr5:31543803 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B40,C62
Chr5:31543842 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B40,C42,C62
Chr5:31543887 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B71
Chr5:31543910 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr5:31543952 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B123,B20,B29
Chr5:31543956 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr5:31543970 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,B13,C79,D10
Chr5:31544018 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A19,D11
Chr5:31544049 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B14,B61,B65,C64,C85
Chr5:31544091 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B113,B65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811575.1
877 aa
N
1
438
877
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
C
PF00560 LRR_1 64-86 aa PF00560 LRR_1 88-110 aa PF00560 LRR_1 112-133 aa PF13855 LRR_8 162-220 aa PF00560 LRR_1 186-207 aa PF00560 LRR_1 209-231 aa PF00560 LRR_1 283-304 aa PF13855 LRR_8 283-341 aa PF00560 LRR_1 431-453 aa PF00560 LRR_1 482-502 aa PF00560 LRR_1 505-526 aa PF00560 LRR_1 528-549 aa PF00560 LRR_1 577-598 aa PF00560 LRR_1 648-665 aa PF00560 LRR_1 742-763 aa PF13855 LRR_8 742-800 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811575.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 64 86 2.1e-64 200.1 Leucine Rich Repeat
XP_057811575.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 88 110 2.1e-64 200.1 Leucine Rich Repeat
XP_057811575.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 112 133 2.1e-64 200.1 Leucine Rich Repeat
XP_057811575.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 162 220 1.4e-56 188.8 Leucine rich repeat
XP_057811575.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 186 207 2.1e-64 200.1 Leucine Rich Repeat
XP_057811575.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 209 231 2.1e-64 200.1 Leucine Rich Repeat
XP_057811575.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 283 304 2.1e-64 200.1 Leucine Rich Repeat
XP_057811575.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 283 341 1.4e-56 188.8 Leucine rich repeat
XP_057811575.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 431 453 2.1e-64 200.1 Leucine Rich Repeat
XP_057811575.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 482 502 2.1e-64 200.1 Leucine Rich Repeat
XP_057811575.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 505 526 2.1e-64 200.1 Leucine Rich Repeat
XP_057811575.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 528 549 2.1e-64 200.1 Leucine Rich Repeat
XP_057811575.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 577 598 2.1e-64 200.1 Leucine Rich Repeat
XP_057811575.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 648 665 2.1e-64 200.1 Leucine Rich Repeat
XP_057811575.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 742 763 2.1e-64 200.1 Leucine Rich Repeat
XP_057811575.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 742 800 1.4e-56 188.8 Leucine rich repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955592.1
ATGGCTCTCTCCGGCACCATTCCACCGCAGCTCGGACACCTCTCCTTCCTCGTCTCCCTCGACCTCTCCTACAACCTTTTCTATGGAGATTTGCCACACCAACTGTCTCTCATTCGCCGTTTGAAGTTCATATCTTTTGAACTCAACAACTTCACCGGAGAAATCCCTCCGATGTTGGGTCAGTTACCAAAATTAGAGTACTTGTCTTTAAGCAACAACAGCTTCATAGGTTCCATCCCAAAATCGCTCTCAAACCTCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025802
ATGGCTCTCTCCGGCACCATTCCACCGCAGCTCGGACACCTCTCCTTCCTCGTCTCCCTCGACCTCTCCTACAACCTTTTCTATGGAGATTTGCCACACCAACTGTCTCTCATTCGCCGTTTGAAGTTCATATCTTTTGAACTCAACAACTTCACCGGAGAAATCCCTCCGATGTTGGGTCAGTTACCAAAATTAGAGTACTTGTCTTTAAGCAACAACAGCTTCATAGGTTCCATCCCAAAATCGCTCTCAAACCTCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811575.1
MALSGTIPPQLGHLSFLVSLDLSYNLFYGDLPHQLSLIRRLKFISFELNNFTGEIPPMLGQLPKLEYLSLSNNSFIGSIPKSLSNLTNLQFLDLSSNSLSGEIPKEFGRLQSLQTLSVRFNHLSGAIPSAIFNISTLVVIALRDNELSGNLPTDMCRNLPFLTELGLSFNLLSGVIPTNLSQCSRLEALSLSYNSFSGEIPSEIGYLTSLQFLALDGNNLNGILPHEIGHLQSLVTFGAEHNEIVGSIDFNIFTNMSSVQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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