当前解析结果
SmilChr05G002750| 统一新 Gene ID | SmilChr05G002750 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G002750 |
| 描述 | proline-rich receptor-like protein kinase PERK1 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 31722956 - 31724159 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131025807 |
|---|---|
| GeneID | 131025807 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131025807 |
| 原始查询 | LOC131025807 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | proline-rich receptor-like protein kinase PERK1 |
| 产物 | proline-rich receptor-like protein kinase PERK1 |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131025807 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057811579.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 1.00000 | XP_057811579.1 |
| 3 | Nucleoplasm | 核质 | 0.60000 | XP_057811579.1 |
| 4 | Nuclear body | 核内小体 | 0.20000 | XP_057811579.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057811579.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:31722979 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 36 | A1,B102,B105,B122,B140,B29,B30,B32,B36,B44,B55,B58,B63,B66,B73,B84,B90,B92,C21,C25,C26,C27,C39,C41,C47,C52,C54,C56,C61,C70,C79,C8,C81,C84,D3,D8 |
Chr5:31722993 |
A |
AG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 49 | A1,A14,A15,A7,B103,B105,B106,B113,B117,B127,B128,B131,B17,B2,B29,B34,B37,B46,B53,B56,B67,B76,B78,B79,B83,B93,B94,B95,B96,C19,C2,C33,C34,C35,C37,C38,C45,C46,C49,C52,C55,C57,C60,C68,C71,C75,C8,C83,D10 |
Chr5:31723003 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 4 | B38,B39,B69,C5 |
Chr5:31723003 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B38,B39,B69,C5 |
Chr5:31723033 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A18,B30,B45,B47,D2 |
Chr5:31723041 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr5:31723069 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 8 | B107,B15,B53,B75,B84,C28,C31,C6 |
Chr5:31723100 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B13 |
Chr5:31723177 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B9,C79 |
Chr5:31723191 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B127,B23,C10,C19 |
Chr5:31723195 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B127,C10,C19 |
Chr5:31723197 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B127,C10,C19 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。