当前解析结果
SmilChr05G002811| 统一新 Gene ID | SmilChr05G002811 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G002811 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr05G002811 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 32991947 - 33000331 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131025817 |
|---|---|
| GeneID | 131025817 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131025817 |
| 原始查询 | LOC131025817 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0125300; species=rice; confidence=weak |
| 产物 | hit=Os08g0125300; species=rice; confidence=weak |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os08g0125300- identity=28; qcov=0.264; evalue=5.26e-17; confidence=weak |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF13976 (gag_pre-integrs); PF14223 (Retrotran_gag_2); PF22936 (Pol_BBD) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131025817 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057811589.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057811589.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057811589.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057811589.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057811589.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:32992027 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 12 | B30,B61,B83,B91,B95,C17,C33,C37,C40,C60,C68,C77 |
Chr5:32992039 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C83 |
Chr5:32992058 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C83 |
Chr5:32992062 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 13 | A13,A18,A25,B11,B110,B30,B45,B47,B62,B68,C56,C65,D1 |
Chr5:32992075 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C83 |
Chr5:32992284 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C69 |
Chr5:32992289 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A13,B75,C38,C4 |
Chr5:32992295 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 31 | A3,A4,A7,B115,B122,B126,B130,B17,B23,B29,B3,B44,B48,B53,B59,B70,B75,B9,B98,C14,C16,C25,C29,C37,C53,C54,C59,C67,C81,C85,D4 |
Chr5:32992297 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B13,C73 |
Chr5:32992308 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 25 | A16,A20,A4,A8,B118,B12,B126,B131,B136,B19,B37,B38,B39,B41,B46,B51,B58,B67,B79,B84,C10,C15,C25,C26,C45 |
Chr5:32992353 |
ATG |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 60 | A13,A15,A18,A2,A7,B1,B103,B105,B107,B108,B110,B117,B121,B122,B124,B131,B20,B21,B24,B25,B31,B32,B35,B38,B39,B53,B55,B61,B65,B70,B71,B76,B77,B81,B84,B90,B92,B94,C1,C20,C36,C4,C44,C50,C51,C52,C6,C60,C61,C62,C65,C70,C71,C75,C80,C82,D1,D3,D6,D7 |
Chr5:32992357 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B123,B136,B75,B8 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057811589.1PF14223
Retrotran_gag_2 81-172 aa
PF22936
Pol_BBD 622-697 aa
PF13976
gag_pre-integrs 729-777 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057811589.1 |
Pfam | PF14223 |
Retrotran_gag_2 | Domain | 81 | 172 | 7.5e-13 | 49.3 | gag-polypeptide of LTR copia-type |
XP_057811589.1 |
Pfam | PF22936 |
Pol_BBD | Domain | 622 | 697 | 3.9e-17 | 63.1 | Pol polyprotein, beta-barrel domain |
XP_057811589.1 |
Pfam | PF13976 |
gag_pre-integrs | Domain | 729 | 777 | 2.1e-13 | 50.6 | GAG-pre-integrase domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。