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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002821

染色体: Chr05 坐标: 33345258-33346387 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002821
名称SmilChr05G002821
描述uncharacterized SmilChr05G002821
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向33345258 - 33346387 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025822
GeneID131025822
locus_tag-
NCBI NameLOC131025822
原始查询LOC131025822

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GOGO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0015074 (DNA integration)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025822

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057811593.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057811593.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057811593.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811593.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811593.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:33345259 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B31,D11
Chr5:33345269 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr5:33345322 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr5:33345330 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A1,A20
Chr5:33345348 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr5:33345370 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr5:33345377 CCA C 2bp_deletion frameshift_variant 92 A10,A11,A14,A15,A19,A21,A23,A3,A5,B1,B10,B101,B102,B104,B111,B113,B115,B117,B121,B123,B124,B129,B130,B133,B137,B138,B17,B20,B22,B25,B31,B32,B35,B36,B37,B45,B46,B48,B49,B50,B53,B54,B55,B57,B60,B65,B68,B7,B80,B81,B88,B89,B9,B91,B94,B98,B99,C1,C17,C22,C26,C27,C30,C31,C32,C33,C36,C41,C42,C43,C44,C47,C5,C53,C54,C6,C60,C61,C62,C64,C66,C68,C76,C78,C80,C82,C86,C87,D10,D11,D4,D5
Chr5:33345388 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B14,B77
Chr5:33345390 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B14,C71
Chr5:33345398 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B9,C82,C86
Chr5:33345403 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 64 A11,A15,A23,A3,A5,B1,B10,B101,B102,B113,B115,B121,B129,B130,B133,B134,B136,B137,B17,B20,B22,B25,B32,B35,B36,B37,B38,B39,B45,B48,B49,B50,B53,B54,B55,B57,B65,B68,B7,B89,B94,B98,B99,C22,C26,C30,C31,C32,C33,C36,C42,C43,C44,C6,C60,C61,C62,C68,C76,C78,C80,C87,D4,D5
Chr5:33345435 TTC T 2bp_deletion frameshift_variant 1 C38

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955610.1
ATGGCTGCATACCACGTCAGGGCTAAAGAGTTAATGTCTAAGTTTCAAGACTGCTTCATCGAGCAAATACCACGTGAACAGAATAACAAAGCTGGCCTTATAGCACGTATGGCCAGCGTAGTCAAACACAGCTGGATGAACTCGGTGACTCTGCTCTTTGAGCCTAGTCCAGAAGGGAAACAGGGTTATGGATCACCAAGAGTGCTCATTTCAGATAATGGGTCACAGTTCATAGGGAAGCAGATAGGGGAATTCTGCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025822
ATGGCTGCATACCACGTCAGGGCTAAAGAGTTAATGTCTAAGTTTCAAGACTGCTTCATCGAGCAAATACCACGTGAACAGAATAACAAAGCTGGCCTTATAGCACGTATGGCCAGCGTAGTCAAACACAGCTGGATGAACTCGGTGACTCTGCTCTTTGAGCCTAGTCCAGAAGGGAAACAGGGTTATGGATCACCAAGAGTGCTCATTTCAGATAATGGGTCACAGTTCATAGGGAAGCAGATAGGGGAATTCTGCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811593.1
MAAYHVRAKELMSKFQDCFIEQIPREQNNKAGLIARMASVVKHSWMNSVTLLFEPSPEGKQGYGSPRVLISDNGSQFIGKQIGEFCHRMDILQGFVYVAHPHANGQVELTNRTICEGLKKRLEKSKERWAEEFDGVLWAHRTSPKMATGEAPFTLVYGSNNVILAEVRLASHRILHYDPIQNDEL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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