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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002888

染色体: Chr05 坐标: 34613792-34615231 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002888
名称SmilChr05G002888
描述uncharacterized SmilChr05G002888
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向34613792 - 34615231 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025838
GeneID131025838
locus_tag-
NCBI NameLOC131025838
原始查询LOC131025838

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
产物hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs03g0439900
-
identity=31.4; qcov=0.499; evalue=5.97e-25; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025838

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057811605.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057811605.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057811605.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811605.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811605.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:34613801 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr5:34613870 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B77
Chr5:34613876 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 C64,C66
Chr5:34613876 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C64,C66
Chr5:34613891 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B29,B45,C63
Chr5:34613933 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C64,C66
Chr5:34613968 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B101,B2,B63,C64,C66
Chr5:34614014 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C21
Chr5:34614039 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,B108
Chr5:34614049 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B124,B79
Chr5:34614050 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr5:34614056 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B128,B39,C1,C12,C51

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955622.1
ATGTTCACCGTGGCTATCCCTCGTGACATGAGGGAGGCATGCATGTGTAAGGGGTTCGATTCTAGCTTAATAGGACCGGCCCTCCAGTGGTATACGAACCTTCCTAATAATTCAATTAGATCTTTTGCTCAACTAACGGATGTTTCTGTTCAACAGTATGCAAGTAGCAGGAAATTGGAGAAGATCTCGGAGGACTTGTACGCCATTGTCCAAAGGAATGGAGAACCACTTCGAGACTACATTGGACGTTTCAACAAGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025838
ATGTTCACCGTGGCTATCCCTCGTGACATGAGGGAGGCATGCATGTGTAAGGGGTTCGATTCTAGCTTAATAGGACCGGCCCTCCAGTGGTATACGAACCTTCCTAATAATTCAATTAGATCTTTTGCTCAACTAACGGATGTTTCTGTTCAACAGTATGCAAGTAGCAGGAAATTGGAGAAGATCTCGGAGGACTTGTACGCCATTGTCCAAAGGAATGGAGAACCACTTCGAGACTACATTGGACGTTTCAACAAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811605.1
MFTVAIPRDMREACMCKGFDSSLIGPALQWYTNLPNNSIRSFAQLTDVSVQQYASSRKLEKISEDLYAIVQRNGEPLRDYIGRFNKEKVSITNCSEQTAVTAFRKGLLPGSDLYKTLTKYPCKTMEDVLIQACAQIKWEEDQYNMQRAFPPSRPERDHRVDRRSGRDRRAEPYPPYRQSRGRDEYDRAPDTRPREKAKIPEYALSISPAEAVEALKNLGNRVKWPERMRAPADQRDRSKWCEFHADHGHRTEDCIALRLE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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