Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002990

染色体: Chr05 坐标: 36614653-36615787 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002990
名称SmilChr05G002990
描述uncharacterized SmilChr05G002990
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向36614653 - 36615787 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025864
GeneID131025864
locus_tag-
NCBI NameLOC131025864
原始查询LOC131025864

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hAT dimerization domain-containing protein / transposase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833333]; symbol=AT5G33406; hit=AT5G33406; species=arabidopsis; confidence=high
产物hAT dimerization domain-containing protein / transposase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833333]; symbol=AT5G33406; hit=AT5G33406; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G33406 (AT5G33406)
hAT dimerization domain-containing protein / transposase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833333]
identity=62.7; qcov=0.865; evalue=9.18e-124; confidence=high
RiceOs09g0499600
-
identity=40.1; qcov=0.774; evalue=1.2e-53; confidence=medium
GOGO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG-
PfamPF05699 (Dimer_Tnp_hAT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025864

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057811634.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811634.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811634.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811634.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057811634.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:36614678 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B29
Chr5:36614699 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B20,B98
Chr5:36614822 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27
Chr5:36614842 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A9,B103,C57
Chr5:36614895 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B69,B9,C5
Chr5:36614963 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 47 A13,A25,B105,B11,B12,B15,B16,B20,B27,B29,B3,B30,B34,B44,B47,B49,B50,B6,B62,B64,B68,B69,B71,B78,B85,B93,B94,C10,C2,C23,C27,C39,C45,C46,C48,C51,C53,C56,C58,C63,C65,C67,C71,C74,C81,C85,D1
Chr5:36614965 GCC G 2bp_deletion frameshift_variant 47 A13,A25,B105,B11,B12,B15,B16,B20,B27,B29,B3,B30,B34,B44,B47,B49,B50,B6,B62,B64,B68,B69,B71,B78,B85,B93,B94,C10,C2,C23,C27,C39,C45,C46,C48,C51,C53,C56,C58,C63,C65,C67,C71,C74,C81,C85,D1
Chr5:36614992 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27
Chr5:36615003 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B138
Chr5:36615021 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B117,B20,B98
Chr5:36615137 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B127,D11,D2
Chr5:36615146 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,C60,C62,C82,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811634.1
319 aa
N
1
160
319
Dimer_Tnp_hAT
C
PF05699 Dimer_Tnp_hAT 129-190 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811634.1 Pfam PF05699 Dimer_Tnp_hAT Domain 129 190 2.2e-10 40.9 hAT family C-terminal dimerisation region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955651.1
ATGGTTGATGGGGATAAAAAATCGGCTATGGGATACATTTATGAAGCTATGGATAGAGCAAAGAAGGTTATTGCTAAGAGTTTTGGTCACAAGGAGGAGCATTACAAAGAAGCTTTTGGGATAATTGATAAAAGATGGGATTGCCAACTTCATCGCCCTTTACATGCGGCCGGATACTTTCTAAATCCGGAAATCTATCATGATAATCCGGAGGGAGTGAGTTGTCAAGAAATTGAGAATGGCTTGTATGAAAGCATTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025864
ATGGTTGATGGGGATAAAAAATCGGCTATGGGATACATTTATGAAGCTATGGATAGAGCAAAGAAGGTTATTGCTAAGAGTTTTGGTCACAAGGAGGAGCATTACAAAGAAGCTTTTGGGATAATTGATAAAAGATGGGATTGCCAACTTCATCGCCCTTTACATGCGGCCGGATACTTTCTAAATCCGGAAATCTATCATGATAATCCGGAGGGAGTGAGTTGTCAAGAAATTGAGAATGGCTTGTATGAAAGCATTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811634.1
MVDGDKKSAMGYIYEAMDRAKKVIAKSFGHKEEHYKEAFGIIDKRWDCQLHRPLHAAGYFLNPEIYHDNPEGVSCQEIENGLYESIQRLVQDDSTQDKIMAELDAYKNATGLFGNAMAIRHRKMKSRADWWSCYGSSSPNLKSFAIKVLSLTCSATGCERNWNVFEHLHTKKRNRLAQDRLNHLVYVKYNRTLERRYKRKDTIDPILLEEIDDSNEWLLGYMDGDSSNEDSDLVFEDDNLTWSAVSKASRANDPIYSTRH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器