当前解析结果
SmilChr01G002500| 统一新 Gene ID | SmilChr01G002500 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G002500 |
| 描述 | uncharacterized protein At4g22758-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 42834364 - 42835534 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131025872 |
|---|---|
| GeneID | 131025872 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131025872 |
| 原始查询 | LOC131025872 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817330]; symbol=AT2G27830; hit=AT2G27830; species=arabidopsis; confidence=medium |
| 产物 | uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817330]; symbol=AT2G27830; hit=AT2G27830; species=arabidopsis; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT2G27830 (AT2G27830)uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817330] identity=48.9; qcov=0.564; evalue=1.23e-25; confidence=medium |
| Rice | Os02g0527200- identity=48.2; qcov=0.521; evalue=4.4e-23; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF23156 (DUF7054) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131025872 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057811641.1 |
| 2 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.40000 | XP_057811641.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057811641.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057811641.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057811641.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:42834504 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | C83 |
Chr1:42834504 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C83 |
Chr1:42834629 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B1,B7 |
Chr1:42834701 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C43 |
Chr1:42834740 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B131,C48 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057811641.1PF23156
DUF7054 73-155 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057811641.1 |
Pfam | PF23156 |
DUF7054 | Domain | 73 | 155 | 1.2e-31 | 109.2 | Domain of unknown function (DUF7054) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。