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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002500

染色体: Chr01 坐标: 42834364-42835534 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002500
名称SmilChr01G002500
描述uncharacterized protein At4g22758-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向42834364 - 42835534 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025872
GeneID131025872
locus_tag-
NCBI NameLOC131025872
原始查询LOC131025872

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817330]; symbol=AT2G27830; hit=AT2G27830; species=arabidopsis; confidence=medium
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817330]; symbol=AT2G27830; hit=AT2G27830; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT2G27830 (AT2G27830)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817330]
identity=48.9; qcov=0.564; evalue=1.23e-25; confidence=medium
RiceOs02g0527200
-
identity=48.2; qcov=0.521; evalue=4.4e-23; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF23156 (DUF7054)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025872

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057811641.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057811641.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057811641.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811641.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811641.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:42834504 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C83
Chr1:42834504 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr1:42834629 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,B7
Chr1:42834701 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43
Chr1:42834740 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811641.1
163 aa
N
1
82
163
DUF7054
C
PF23156 DUF7054 73-155 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811641.1 Pfam PF23156 DUF7054 Domain 73 155 1.2e-31 109.2 Domain of unknown function (DUF7054)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955658.1
TAACGCAAATATGAAACATAAAACAGAAAATATATATCAGAAAATATATATCGTATCCTGGAAATTGCGTACGTATATGTATATCAACATAATCTATGCTATATATACATATATCTTGTGAATTCATGATACCAAAAAAGCGACATTTCATTTCGTGTTTTAAAGTTTTTGGTAAAATTTTAAAATCTTTGCTGCAAATTAGTATGGGCTCTTTATCTCCACCCCAACGGCAGAATTACGGTTTGGAGAGAGGCGCACCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025872
ATGCTATATATACATATATCTTGTGAATTCATGATACCAAAAAAGCGACATTTCATTTCGTGTTTTAAAGTTTTTGGTAAAATTTTAAAATCTTTGCTGCAAATTAGTATGGGCTCTTTATCTCCACCCCAACGGCAGAATTACGGTTTGGAGAGAGGCGCACCTCCGCAGCGGAAGAATGGCAGCGGCGGAGCGGCAGACGTGAAGCGGCGGCAGTTGACAAAAGTGTTGTTTAATGTGAGCCTGCAAAACAGTCTGTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811641.1
MLYIHISCEFMIPKKRHFISCFKVFGKILKSLLQISMGSLSPPQRQNYGLERGAPPQRKNGSGGAADVKRRQLTKVLFNVSLQNSLWPVQVMMSPENTATELVKAAIGVYAEERRRPELRCTDPGRYELHYSQFSLESLKPEVKLMDLGSRNFYVSAKSGTAA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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