Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003055`

染色体: Chr05 坐标: 38349450-38350808 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003055`
名称	SmilChr05G003055
描述	uncharacterized SmilChr05G003055
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	38349450 - 38350808 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025891`
GeneID	`131025891`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025891`
原始查询	`LOC131025891`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
产物	zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT2G01050` (AT2G01050) zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629] identity=27.8; qcov=0.518; evalue=6.68e-20; confidence=low
Rice	`Os09g0268800` - identity=27.2; qcov=0.35; evalue=5.57e-06; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025891

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057811654.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057811654.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057811654.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811654.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811654.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:38349459`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B16,B6,B75,C63
`Chr5:38349499`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C39,C86
`Chr5:38349504`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B131,B94,B95,D6
`Chr5:38349509`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B27
`Chr5:38349536`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C13
`Chr5:38349536`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C13
`Chr5:38349537`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B33
`Chr5:38349553`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B114,B27,B57
`Chr5:38349649`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B114,B27,B57
`Chr5:38349687`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B125,B90,B92,D6
`Chr5:38349693`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B83
`Chr5:38349693`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955671.1
ATGGGAAAAGGATATTTTACTTTGAAATTCTCAAGTGCTGAAGATAAAGCGAAAGCCAAGAAGCATCTGATATGGGAGCTCTCTACTGGTACCATTCGTATTCGCGAATGGGTTAAAATGTTCGATCCTTATCGGGAAATATCTTCTTTATGCCATGTGTGGGTCAGAATTTATTATTTGCCGGTTGAATGTTGGTACCCGGAAATTATTACCGGAATAGGACATCACATTGGTCTACCCCTACAAATTGATTCGGCCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025891
ATGGGAAAAGGATATTTTACTTTGAAATTCTCAAGTGCTGAAGATAAAGCGAAAGCCAAGAAGCATCTGATATGGGAGCTCTCTACTGGTACCATTCGTATTCGCGAATGGGTTAAAATGTTCGATCCTTATCGGGAAATATCTTCTTTATGCCATGTGTGGGTCAGAATTTATTATTTGCCGGTTGAATGTTGGTACCCGGAAATTATTACCGGAATAGGACATCACATTGGTCTACCCCTACAAATTGATTCGGCCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811654.1
MGKGYFTLKFSSAEDKAKAKKHLIWELSTGTIRIREWVKMFDPYREISSLCHVWVRIYYLPVECWYPEIITGIGHHIGLPLQIDSASAHGEFGHFARLLIEIDLSLPLPETLLVNCDEGSFYVEFGYEQLPLYCSKCKITGHSTDKCRKGTSSTKEAATKDKTVSIQTDKAKETGKNGKDKVKDLKCKAKEPEGDPHNTNKFACLSDGDHTEQGCSYGLDLLEKILISSNNGKDGEKGVHDRVQEEPLEPEASDEEDYEK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器