Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002504`

染色体: Chr01 坐标: 42907009-42908794 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002504`
名称	SmilChr01G002504
描述	protein DETOXIFICATION 56
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	42907009 - 42908794 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025898`
GeneID	`131025898`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025898`
原始查询	`LOC131025898`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein DETOXIFICATION 56
产物	protein DETOXIFICATION 56
Arabidopsis	`AT4G22790` (AT4G22790) MATE efflux family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828378] identity=55.8; qcov=0.971; evalue=6.06e-180; confidence=high
Rice	`Os03g0858800` - identity=57.2; qcov=0.977; evalue=1.38e-170; confidence=high
GO	GO:0015297 (antiporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0042910 (xenobiotic transmembrane transporter activity); GO:1990961 (xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane)
KEGG	-
Pfam	PF01554 (MatE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025898

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057811662.1`
2	Vacuole	液泡	0.40000	`XP_057811662.1`
3	Vacuole membrane	液泡膜	0.20000	`XP_057811662.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057811662.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811662.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:42907204`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	D10,D7
`Chr1:42907212`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A11,D10,D7
`Chr1:42907295`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr1:42907388`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	D10,D7
`Chr1:42907400`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B33
`Chr1:42907433`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:42907500`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B1,B7
`Chr1:42907683`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B11,B64,C2,C4
`Chr1:42907883`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B36
`Chr1:42908021`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B11,B64,C2
`Chr1:42908149`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B94
`Chr1:42908345`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811662.1

476 aa

238

476

MatE

PF01554 MatE 27-184 aa PF01554 MatE 249-413 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811662.1`	Pfam	`PF01554`	MatE	Family	27	184	7.7e-52	176.0	MatE
`XP_057811662.1`	Pfam	`PF01554`	MatE	Family	249	413	7.7e-52	176.0	MatE

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955679.1
GGATATAATGTAGAGCGAAGCCCATGCAATGCAACATGTCTATATATCATATCATCTTGTGCCCATTTAAAGAAAACATGAGTAATACACATTAATTAGTGAGAGAAATTAAAGCTCATCTCATCACTGTTAGTTGCAGAATTAATTGATCAATGGAGCAACCCAAACATCAACCGCCGGAATGTCTCTCCCTCCGGACGGAGCTGAGGACGCAATGGCGGATCAGCGTTCCCTTGGTGGCGATGAACTTCACATGGTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025898
ATGGAGCAACCCAAACATCAACCGCCGGAATGTCTCTCCCTCCGGACGGAGCTGAGGACGCAATGGCGGATCAGCGTTCCCTTGGTGGCGATGAACTTCACATGGTTCGCCAAAACCGCCATCACCACGGCCTTCCTGGGGCGCCTCGGCGAGCTGCCCCTCGCCGGCGCCACCCTGGGCTTCACCTTGGGGAACGTCACCGGATACTCCCTCCTCAACGGCCTCTGCGGCGCCATGGAGCCCATCTGCGGCCAAGCCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811662.1
MEQPKHQPPECLSLRTELRTQWRISVPLVAMNFTWFAKTAITTAFLGRLGELPLAGATLGFTLGNVTGYSLLNGLCGAMEPICGQAFGAKNARLLHKTLLMATSLLLAVSIPIAFLWLNAERILINCGQQREIASVARRYLIYLIPDLVVTSFICPLKAYLSTQNVTVPIMLSSAAAVALHIPATLLLARARGLEGISMAVWISDLVVAILLAIYVILWERRKGGNWKEGGWFEQGGGEWGRLLKLSGPCCLTTCLEWWC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器