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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003095

染色体: Chr05 坐标: 39340824-39341303 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003095
名称SmilChr05G003095
描述uncharacterized SmilChr05G003095
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向39340824 - 39341303 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025907
GeneID131025907
locus_tag-
NCBI NameLOC131025907
原始查询LOC131025907

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025907

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057811669.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057811669.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811669.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811669.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811669.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:39340830 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A6,B31,C83
Chr5:39340837 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B85,C33,C58,C85,D1
Chr5:39340849 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 23 A1,A14,A24,B1,B122,B129,B132,B139,B2,B33,B46,B50,B59,B80,B98,B99,C25,C5,C64,C66,C77,C82,D3
Chr5:39340878 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10
Chr5:39340895 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 43 A11,A13,A16,A20,A21,A22,A4,A8,B10,B105,B113,B120,B130,B20,B27,B30,B37,B49,B5,B51,B54,B65,B66,B8,B80,B84,B9,C10,C13,C14,C35,C52,C57,C58,C60,C67,C68,C7,C70,C79,C83,C9,D1
Chr5:39340912 A AGG 2bp_insertion frameshift_variant 5 B111,B37,B44,B7,C15
Chr5:39340912 A AGG 2bp_insertion CDS_variant 5 B111,B37,B44,B7,C15
Chr5:39340940 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B114,B25,B47,B88,D10
Chr5:39340942 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B83,B99,C26,C64,C66
Chr5:39340949 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,B54,B86,D10
Chr5:39340950 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 8 B133,B134,B42,B64,B90,B97,C86,D7
Chr5:39340952 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955686.1
ATGTCCCCTTTCAGACTGCTCTATGGAAAAAGATGTCATCTACCTGTGGAAATTGAACATAAGGCATACTGGGCAATCAAGCAAATTAACCTCAGTATGAGCCTAGCTGGAGAAACGCGAAAGCTGCAGCTGAGTGAGTTGGAAGAGCTTCGGTTGGAGGCTTACGACAATGCTGTGCTCTATAAGGAGCGAACCAGGAGAATCCATGATGCTAAGATCAGAAAGAAGGAATTCTGGGTAGGACAAAAAGTCCTACTTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025907
ATGTCCCCTTTCAGACTGCTCTATGGAAAAAGATGTCATCTACCTGTGGAAATTGAACATAAGGCATACTGGGCAATCAAGCAAATTAACCTCAGTATGAGCCTAGCTGGAGAAACGCGAAAGCTGCAGCTGAGTGAGTTGGAAGAGCTTCGGTTGGAGGCTTACGACAATGCTGTGCTCTATAAGGAGCGAACCAGGAGAATCCATGATGCTAAGATCAGAAAGAAGGAATTCTGGGTAGGACAAAAAGTCCTACTTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811669.1
MSPFRLLYGKRCHLPVEIEHKAYWAIKQINLSMSLAGETRKLQLSELEELRLEAYDNAVLYKERTRRIHDAKIRKKEFWVGQKVLLFNSRFKMMAGKFRSKWSGPFVIKGIFSNGSIEVYDHNGVDTFVVNGHRLKPYHELAEVEKEKEECHLLNPVYE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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