Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002507`

染色体: Chr01 坐标: 42941240-42945516 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002507`
名称	SmilChr01G002507
描述	general transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	42941240 - 42945516 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025912`
GeneID	`131025912`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025912`
原始查询	`LOC131025912`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	general transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5
产物	general transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5
Arabidopsis	`AT1G12400` (AT1G12400) Nucleotide excision repair, TFIIH, subunit TTDA [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837795] identity=69; qcov=1; evalue=1.65e-34; confidence=medium
Rice	`Os07g0573600` (OsREX1-S) - identity=67.1; qcov=0.986; evalue=1.72e-33; confidence=medium
GO	GO:0000439 (transcription factor TFIIH core complex); GO:0005675 (transcription factor TFIIH holo complex); GO:0006289 (nucleotide-excision repair); GO:0006294 (nucleotide-excision repair, preincision complex assembly); GO:0006366 (transcription by RNA polymerase II); GO:0006367 (transcription initiation at RNA polymerase II promoter)
KEGG	smil03022 (Basal transcription factors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03420 (Nucleotide excision repair - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF06331 (Tfb5)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025912

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057811675.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057811675.1`
3	Secreted	分泌到胞外	0.20000	`XP_057811675.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811675.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811675.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变，或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811675.1

71 aa

Tfb5

PF06331 Tfb5 1-68 aa

XP_057811681.1

71 aa

Tfb5

PF06331 Tfb5 1-68 aa

XP_057811683.1

71 aa

Tfb5

PF06331 Tfb5 1-68 aa

XP_057811689.1

71 aa

Tfb5

PF06331 Tfb5 1-68 aa

XP_057811693.1

71 aa

Tfb5

PF06331 Tfb5 1-68 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811675.1`	Pfam	`PF06331`	Tfb5	Family	1	68	4.2e-27	94.6	Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5
`XP_057811681.1`	Pfam	`PF06331`	Tfb5	Family	1	68	4.2e-27	94.6	Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5
`XP_057811683.1`	Pfam	`PF06331`	Tfb5	Family	1	68	4.2e-27	94.6	Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5
`XP_057811689.1`	Pfam	`PF06331`	Tfb5	Family	1	68	4.2e-27	94.6	Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5
`XP_057811693.1`	Pfam	`PF06331`	Tfb5	Family	1	68	4.2e-27	94.6	Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955710.1
AACTATCCCCACCAAATTTCCCGAAATCAGACTTGGCCTCTTTCTCTCCTCACCATCGTCGCGCCCTGCCACTGCCGTCACGACTCGCCGCCACGACCAGCGCCGCTGCCACGCCGGCCGTTTGCTCGGCCGGACTCTACCATCGTTTCCCATAAATCGGTTCCCGATCTCAGGTTTAGGGTTCCGCCGAGCAAGATTTTGAAGAAGGCGTCGGACGGCGCGGTCGTCTCCTGCCTGCGGATTGCCACTCCCGTCGACCA...

XM_057955700.1
TATCCCCACCAAATTTCCCGAAATCAGACTTGGCCTCTTTCTCTCCTCACCATCGTCGCGCCCTGCCACTGCCGTCACGACTCGCCGCCACGACCAGCGCCGCTGCCACGCCGGCCGTTTGCTCGGCCGGACTCTACCATCGTTTCCCATAAATCGGTTCCCGATCTCAGGTTTAGGGTTCCGCCGAGCAAGATTTTGAAGAAGGCGTCGGACGGCGCGGTCGTCTCCTGCCTGCGGATTGCCACTCCCGTCGACCAGAT...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA

LOC131025912
ATGGTGAATGCTATAAAGGGATTGTACATCACATGTGACATTCCCATGGCTCAATTCATCATTAACATGAATGCTTCTCTGCCGCAGTCGCAGAAGTTTATAATACATGTATTGGACAATACTCATCTTTTTGTGCGGTCGGATATGGCTGGTATGATTAAAAGCGCCATTGCAACTTTCAGAGATCAGAATACATACGAGAAGCCCTCTAATTAA

Protein

5 records

下载 Protein FASTA

XP_057811675.1
MVNAIKGLYITCDIPMAQFIINMNASLPQSQKFIIHVLDNTHLFVRSDMAGMIKSAIATFRDQNTYEKPSN

XP_057811681.1
MVNAIKGLYITCDIPMAQFIINMNASLPQSQKFIIHVLDNTHLFVRSDMAGMIKSAIATFRDQNTYEKPSN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器