Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003111

染色体: Chr05 坐标: 39637920-39640229 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003111
名称SmilChr05G003111
描述uncharacterized SmilChr05G003111
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向39637920 - 39640229 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025913
GeneID131025913
locus_tag-
NCBI NameLOC131025913
原始查询LOC131025913

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025913

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057811674.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057811674.1
3 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057811674.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811674.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811674.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:39637942 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B52,C42,C62
Chr5:39637954 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,B64
Chr5:39637980 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B54,B99,C26,C67,C84
Chr5:39637989 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr5:39638002 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A2
Chr5:39638055 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,D9
Chr5:39638068 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr5:39638087 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C22,C64,C66
Chr5:39638122 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C19
Chr5:39638126 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr5:39638142 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C41
Chr5:39638153 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B130,C23,C44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955691.1
TATATATATATATTTTTTTCCTTACTTATTTTTCTTACAAAAAAATCTTTATCTATTTAAAGGTTCCGGCTAGGAACGAGCCCGACACTAGAGTACGAAGTAAGAGAAACATATCAGGATGGCTCGTACCCTACGTACCGCGAGGAAGAGAGTTAGTGCTAGAGCGACACATGATGAGATCCGTCGGGAGTACCTTCACTATGGCATGTGCTGGAGAGACACATTGGGGGAATTTCTTGCCCACTTCCACGAGCACTGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025913
ATGGCTCGTACCCTACGTACCGCGAGGAAGAGAGTTAGTGCTAGAGCGACACATGATGAGATCCGTCGGGAGTACCTTCACTATGGCATGTGCTGGAGAGACACATTGGGGGAATTTCTTGCCCACTTCCACGAGCACTGGTTGGCAGCTTGCATGTATGGGATCTCCTCGTATGATGGCATTATTCGACTGTCGACTCTACTTCCATCCGACTGGAAGGGTTGGGCGACCTCCATTGCCTCAGACTACTTATACCATTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811674.1
MARTLRTARKRVSARATHDEIRREYLHYGMCWRDTLGEFLAHFHEHWLAACMYGISSYDGIIRLSTLLPSDWKGWATSIASDYLYHYGEEYDLYVDFPGFVAAVSNQYYRYGEAPYGPYTLPGDYIQAGGGIADFLPRDDHAPYVPPELVRVAPLLKFDTDDEIAALLRSPTPIYLVTSSDSETTPQQTLTSNRTTLGIRTHDEFEAGPSRPPGVPRDHGDYPEMQRTVGTIRREPIDLNKADVVVDSDDSHEAETHSQT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器