Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003141`

染色体: Chr05 坐标: 40023667-40024098 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003141`
名称	SmilChr05G003141
描述	uncharacterized SmilChr05G003141
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	40023667 - 40024098 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025920`
GeneID	`131025920`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025920`
原始查询	`LOC131025920`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861]; symbol=AT2G13770; hit=AT2G13770; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861]; symbol=AT2G13770; hit=AT2G13770; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT2G13770` (AT2G13770) nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861] identity=46.8; qcov=0.972; evalue=5.17e-33; confidence=medium
Rice	`Os01g0872900` - identity=50; qcov=0.713; evalue=4.6e-32; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04827 (Plant_tran)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025920

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057811682.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811682.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811682.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057811682.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057811682.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:40023678`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B66
`Chr5:40023683`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B66
`Chr5:40023690`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B69,B9
`Chr5:40023698`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B75,B94,B99
`Chr5:40023699`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B24,C64
`Chr5:40023718`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B94,B99
`Chr5:40023738`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B110
`Chr5:40023762`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B75
`Chr5:40023846`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B15
`Chr5:40023848`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B15,B27
`Chr5:40023866`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	24	A15,B100,B108,B119,B122,B132,B133,B139,B15,B17,B66,B7,B75,B84,B94,B99,C11,C32,C35,C41,C68,C69,C77,D5
`Chr5:40023872`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B75,B94,B99

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811682.1

143 aa

143

Plant_tran

PF04827 Plant_tran 4-103 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811682.1`	Pfam	`PF04827`	Plant_tran	Family	4	103	5.7e-39	134.6	Plant transposon protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955699.1
ATGGGGGTGCCGATCACATATCAAGTCAACAACTCCTACTACATAAGTGGGTACTACTTGACTGACGACATCTACCCCAATTGGCCTATTTTCGTGAAGAGTCCTACACATCCAACGGACGCGAAGGGGAAGAGGTTCAAAGTGATGCAGGAAGCAGCTCGCAAGGATATCGAACGAGCTTTCGGCGTGCTTCAAGCTCGTTGGGCAATTGCCAAAGAACCATCACGTTTTTGGAGCAAGGAGAAGATGAGCGACATCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025920
ATGGGGGTGCCGATCACATATCAAGTCAACAACTCCTACTACATAAGTGGGTACTACTTGACTGACGACATCTACCCCAATTGGCCTATTTTCGTGAAGAGTCCTACACATCCAACGGACGCGAAGGGGAAGAGGTTCAAAGTGATGCAGGAAGCAGCTCGCAAGGATATCGAACGAGCTTTCGGCGTGCTTCAAGCTCGTTGGGCAATTGCCAAAGAACCATCACGTTTTTGGAGCAAGGAGAAGATGAGCGACATCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811682.1
MGVPITYQVNNSYYISGYYLTDDIYPNWPIFVKSPTHPTDAKGKRFKVMQEAARKDIERAFGVLQARWAIAKEPSRFWSKEKMSDIMFTCIILHNMIIEDEGEHTTQWEEEVADEASSSTATSCPRAGVPLNFRAFVARQASM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器