Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003148`

染色体: Chr05 坐标: 40226629-40227761 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003148`
名称	SmilChr05G003148
描述	uncharacterized SmilChr05G003148
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	40226629 - 40227761 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025921`
GeneID	`131025921`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025921`
原始查询	`LOC131025921`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os04g0204200; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os04g0204200; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G40390` (AT1G40390) DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840761] identity=25.2; qcov=0.789; evalue=1.98e-11; confidence=low
Rice	`Os04g0204200` - identity=35.3; qcov=0.398; evalue=1.23e-11; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025921

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057811684.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057811684.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057811684.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811684.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811684.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:40226635`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B54,C46
`Chr5:40226702`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B18,B40,B67,B75,B85
`Chr5:40226703`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C13
`Chr5:40226705`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B71
`Chr5:40226711`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B71
`Chr5:40226716`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C80,C9
`Chr5:40226725`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A7,B4,C13,C45
`Chr5:40226731`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A7,B4,C13,C45
`Chr5:40226732`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C72
`Chr5:40226755`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	32	A14,A25,A5,B10,B128,B130,B132,B19,B28,B39,B42,B43,B44,B50,B60,B62,B63,B71,B85,B86,C10,C17,C35,C43,C44,C55,C6,C69,C75,C80,C9,D11
`Chr5:40226770`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B26,C72
`Chr5:40226808`	`A`	`AGT`	2bp_insertion	frameshift_variant	2	B10,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955701.1
ATGGCAAACCAACTGATTTCTCGAAAGAAAGACGTGGAGACAGAGGAGAATCAGGAAAGATTGATCCTTTGGGACAGCTTGGAGAGCGTGGCGAGGCAATCGAGGGACCAGTGCGTATGTTTTGGGGGGGATTTTAACTCTATTCGTGTCTTAGCTGAGAGGAATGGAAGGGGCGCGCATTTCTCCCCCAGAGATATCCAATCCTTTGATCAGTTTGTGAGAAGATGTGAACTCACTGAAATTAGACTTCAAGCGAGAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025921
ATGGCAAACCAACTGATTTCTCGAAAGAAAGACGTGGAGACAGAGGAGAATCAGGAAAGATTGATCCTTTGGGACAGCTTGGAGAGCGTGGCGAGGCAATCGAGGGACCAGTGCGTATGTTTTGGGGGGGATTTTAACTCTATTCGTGTCTTAGCTGAGAGGAATGGAAGGGGCGCGCATTTCTCCCCCAGAGATATCCAATCCTTTGATCAGTTTGTGAGAAGATGTGAACTCACTGAAATTAGACTTCAAGCGAGAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811684.1
MANQLISRKKDVETEENQERLILWDSLESVARQSRDQCVCFGGDFNSIRVLAERNGRGAHFSPRDIQSFDQFVRRCELTEIRLQARKFTWYQPQGQCKSKLDRFMLNEEWLAVWDQSKVRGLQRTVSDHCPILLDTKKVDWGPKPFRFLNAWTRHPDFETVVKESWQRGGISGWSSFIFKEKIKRLKNDLRVWSKTGFGLVDENVSNLREEILKWDLIDDAIGLEEEEVGKRREAKANLLIQLQHRDNILAQRSRN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器