Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003194`

染色体: Chr05 坐标: 40828804-40831680 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003194`
名称	SmilChr05G003194
描述	uncharacterized SmilChr05G003194
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	40828804 - 40831680 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025935`
GeneID	`131025935`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025935`
原始查询	`LOC131025935`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=ATMG00310; species=arabidopsis; confidence=weak
产物	hit=ATMG00310; species=arabidopsis; confidence=weak
Arabidopsis	`ATMG00310` - identity=42.2; qcov=0.188; evalue=7.19e-37; confidence=weak
Rice	`Os10g0351414` - identity=28.9; qcov=0.429; evalue=7.73e-37; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025935

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057811697.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057811697.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057811697.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811697.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811697.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:40828818`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	62	A10,A15,A4,A7,A8,A9,B104,B108,B112,B117,B12,B122,B132,B133,B134,B140,B2,B21,B29,B3,B31,B36,B42,B48,B53,B57,B62,B63,B66,B67,B73,B74,B77,B78,B8,B83,B84,B88,B90,B96,B99,C13,C16,C34,C36,C39,C42,C51,C53,C56,C59,C62,C63,C65,C66,C67,C74,D1,D2,D6,D7,D8
`Chr5:40828916`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B42,B43
`Chr5:40828995`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C39,C83,D6
`Chr5:40829007`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B42,B43
`Chr5:40829029`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B137,B42,B43
`Chr5:40829030`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B75,C35
`Chr5:40829030`	`TA`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B75,C35
`Chr5:40829061`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A18
`Chr5:40829085`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A11,B44,B45,C54
`Chr5:40829131`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B42,B43
`Chr5:40829195`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B32
`Chr5:40829213`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955714.1
ATGGAAACCAAACTTACTGCTGTGGATTGGCAACCTATTTTGAATGCTACAGGTTTCAACAATTATGTGGCATTTGACTGTGTCTGCTCTGATCGAGGCCGAAGTGGCGGGCTGTGTCTCATTTGGATGGATGATTTGAAGGTTACTTTGAAATCCTCATCTGAGCATCATATCTTGGAAACTATAGAGGATGATATTCATGATGCATGGGACTTTTGCGGTATCTATGGGTGGAGCAAAACTGACGAGCACGTGCTCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025935
ATGGAAACCAAACTTACTGCTGTGGATTGGCAACCTATTTTGAATGCTACAGGTTTCAACAATTATGTGGCATTTGACTGTGTCTGCTCTGATCGAGGCCGAAGTGGCGGGCTGTGTCTCATTTGGATGGATGATTTGAAGGTTACTTTGAAATCCTCATCTGAGCATCATATCTTGGAAACTATAGAGGATGATATTCATGATGCATGGGACTTTTGCGGTATCTATGGGTGGAGCAAAACTGACGAGCACGTGCTCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811697.1
METKLTAVDWQPILNATGFNNYVAFDCVCSDRGRSGGLCLIWMDDLKVTLKSSSEHHILETIEDDIHDAWDFCGIYGWSKTDEHVLMWNLMRDVLSDVNSKWICVGDFNETMYHFEKRGGNLKTDLRLELFRSTVESCNLIDLGFSGDPFTWSNNQRGADNIMERLDRIFGSSEWMSLYPGFEVTHLLRKASDHCHLLLSLETSSEKMQNRPKPFRFEAMWLRNESCKELCEKMWQSGLGSRSVSDLKQKIEDMGRELKI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器