Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003210`

染色体: Chr05 坐标: 41154283-41155149 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003210`
名称	SmilChr05G003210
描述	uncharacterized SmilChr05G003210
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	41154283 - 41155149 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025939`
GeneID	`131025939`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025939`
原始查询	`LOC131025939`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025939

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057811700.1`
2	Chromosome	染色体	1.00000	`XP_057811700.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057811700.1`
4	Centromere	着丝粒	0.20000	`XP_057811700.1`
5	Telomere	端粒	0.20000	`XP_057811700.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:41154289`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B45
`Chr5:41154327`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A3,B108,B21
`Chr5:41154329`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B117,B28,B6
`Chr5:41154333`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A7,B67,C57,C70
`Chr5:41154335`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B127,B41,B70,B73,C23
`Chr5:41154343`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	39	A24,A8,B102,B104,B107,B112,B113,B123,B128,B14,B26,B41,B43,B49,B56,B58,B62,B68,B7,B71,B72,B85,B88,C15,C25,C3,C32,C38,C39,C43,C45,C48,C59,C63,C64,C66,C68,C82,D8
`Chr5:41154362`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A7,B103,B67,C57,C70
`Chr5:41154363`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A7,B67,C57,C70
`Chr5:41154368`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A2,C85,D11,D7
`Chr5:41154406`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D4
`Chr5:41154418`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C23,C36,C61
`Chr5:41154444`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B42,C36,C61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955717.1
ATGTCACTCAACGATGATGCTGAAACGCCAAAGACGTCTGAAGAGCCTCTCACGATAGAACAAGTAACTGTTGTTCTCAGCTCTCCAGTTGGTGACACTGATCAACCAGCAGAATCAATTGCTGATCCTGCTGCTGCTGAACAACCAATGACTGATTCGATCAGTCAACCGGATTTGCCATCTACGCCTCCAACAAATCCTGCTGAAGCAGACCGGAATTGCATCCCTGAAGCTGTTGCTACTTTACCAGAAGAAGAACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025939
ATGTCACTCAACGATGATGCTGAAACGCCAAAGACGTCTGAAGAGCCTCTCACGATAGAACAAGTAACTGTTGTTCTCAGCTCTCCAGTTGGTGACACTGATCAACCAGCAGAATCAATTGCTGATCCTGCTGCTGCTGAACAACCAATGACTGATTCGATCAGTCAACCGGATTTGCCATCTACGCCTCCAACAAATCCTGCTGAAGCAGACCGGAATTGCATCCCTGAAGCTGTTGCTACTTTACCAGAAGAAGAACA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811700.1
MSLNDDAETPKTSEEPLTIEQVTVVLSSPVGDTDQPAESIADPAAAEQPMTDSISQPDLPSTPPTNPAEADRNCIPEAVATLPEEEQRSADNADRPMSEERVEEIPKSPPPSTTSLLNTDKPTSPEDKNISQEQSIPLPLAEGRTERPAPTSQPEASTSKTNEDRQQVQNSSAESDVPIEHVELPRAEGPVLFDSDSETDELLTVWKHNRPHRNLLRISDDAEKPMDVLLEQLADQRLEIDLLQHELKRQNIYGEKFVKK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器