Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003361`

染色体: Chr05 坐标: 44407379-44408224 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003361`
名称	SmilChr05G003361
描述	uncharacterized SmilChr05G003361
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	44407379 - 44408224 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025979`
GeneID	`131025979`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025979`
原始查询	`LOC131025979`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
产物	zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT2G01050` (AT2G01050) zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629] identity=30.1; qcov=0.591; evalue=1.19e-22; confidence=low
Rice	`Os09g0268800` - identity=23.6; qcov=0.722; evalue=3.05e-09; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF14392 (zf-CCHC_4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025979

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057811743.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057811743.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057811743.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811743.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811743.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变，或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811743.1

281 aa

140

281

zf-CCHC_4

PF14392 zf-CCHC_4 242-271 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811743.1`	Pfam	`PF14392`	zf-CCHC_4	Domain	242	271	3.1e-06	27.4	Zinc knuckle

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955760.1
ATGGGGTTTCTAAGCAAAACTTTCAAGTTAATCTCAGGAGCACGGTGCATGTCCCCTGCTGCACCTGTTTCTGTGAATTCGACTGAACAACAGAACGTTTCATACGCTCGGATTACTGCCCCTCAAAAGTTTCGACAGCCGGATTTACCAGCGCATAATTTTTGTGCCCTCCGTCCGGTTAGGCATGGTGATCAAGGTACTCTTGTTATACCACGTGATATTCAGGATTCTCAATTGAAGAAGTTTAAGAATGCTCTTAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025979
ATGGGGTTTCTAAGCAAAACTTTCAAGTTAATCTCAGGAGCACGGTGCATGTCCCCTGCTGCACCTGTTTCTGTGAATTCGACTGAACAACAGAACGTTTCATACGCTCGGATTACTGCCCCTCAAAAGTTTCGACAGCCGGATTTACCAGCGCATAATTTTTGTGCCCTCCGTCCGGTTAGGCATGGTGATCAAGGTACTCTTGTTATACCACGTGATATTCAGGATTCTCAATTGAAGAAGTTTAAGAATGCTCTTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811743.1
MGFLSKTFKLISGARCMSPAAPVSVNSTEQQNVSYARITAPQKFRQPDLPAHNFCALRPVRHGDQGTLVIPRDIQDSQLKKFKNALIGRLLLNKGDKPRQSRELKAELQSLWKISSPWHLMPMGKGYYTLRFQSKEDKATAKANLLWNLSVGSLRLRDWVRYFNPYKESSSLAQMWVRIYHLPVEFWHPEIISGIGSWLGQPLKIDGNSMTEDVGHFVRMLIEIDLAQTLPMMLNIDGGDYEFSVEFSYEYIPIFCHRCK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器