Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003444`

染色体: Chr05 坐标: 45798735-45799349 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003444`
名称	SmilChr05G003444
描述	uncharacterized SmilChr05G003444
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	45798735 - 45799349 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025999`
GeneID	`131025999`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025999`
原始查询	`LOC131025999`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DNA binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823922]; symbol=AT3G47680; hit=AT3G47680; species=arabidopsis; confidence=low
产物	DNA binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823922]; symbol=AT3G47680; hit=AT3G47680; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G47680` (AT3G47680) DNA binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823922] identity=35.5; qcov=0.525; evalue=1.15e-15; confidence=low
Rice	`Os08g0561000` (P0604E01.25) - identity=30.1; qcov=0.897; evalue=9.32e-13; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025999

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057811763.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811763.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811763.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057811763.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057811763.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:45798811`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B105,B59,B78,C13,C57
`Chr5:45798836`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B135,B40,C33
`Chr5:45798843`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B21,B68,C35,C48
`Chr5:45798855`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A15,B127,B4,B6
`Chr5:45798861`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B64,B97,C16,C42
`Chr5:45798887`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B28,B9
`Chr5:45798890`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A5,C60
`Chr5:45798900`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B130,B136,C33
`Chr5:45798953`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A16,B34,C15,C37,C54
`Chr5:45798981`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B9,C11
`Chr5:45798985`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A25,B50,B92,C85
`Chr5:45798992`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A25,B50,B92,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955780.1
ATGGGTGTTCAACGCCCAAACAAAAATCAGAAAGGGGCAAACAATGTAGCTTGGCGTGTGAAAGAAGATGTAGCACTTATGTCATCTTGGATCTATGCTAGCGAAGATAGCGTTCGAGGAAACAATCAAAAGGGGGAATCGCTTTGGTCACGTGTTCATAAATTGTATCACAACACTCAAGCGAAAAATCCGAATGAGCTCAACGAACGAAACATTGAATTGATGAAAGGTCGCTGGAAACGTCTTAACAAAAATATAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025999
ATGGGTGTTCAACGCCCAAACAAAAATCAGAAAGGGGCAAACAATGTAGCTTGGCGTGTGAAAGAAGATGTAGCACTTATGTCATCTTGGATCTATGCTAGCGAAGATAGCGTTCGAGGAAACAATCAAAAGGGGGAATCGCTTTGGTCACGTGTTCATAAATTGTATCACAACACTCAAGCGAAAAATCCGAATGAGCTCAACGAACGAAACATTGAATTGATGAAAGGTCGCTGGAAACGTCTTAACAAAAATATAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811763.1
MGVQRPNKNQKGANNVAWRVKEDVALMSSWIYASEDSVRGNNQKGESLWSRVHKLYHNTQAKNPNELNERNIELMKGRWKRLNKNINKWVAACREANARRRSGMSDNDVEKEAHFIYEAGGSKFLDLVVFNEVMSKHPKWNVHDTTPIFRRQSEDVDDQQSGGSSKRSKTSEDGGFSILSNPETPISEQLTATRPIGRDKAKRK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器