当前解析结果
SmilChr05G003481| 统一新 Gene ID | SmilChr05G003481 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G003481 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr05G003481 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 46206143 - 46208911 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131026006 |
|---|---|
| GeneID | 131026006 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131026006 |
| 原始查询 | LOC131026006 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os02g0472200; species=rice; confidence=weak |
| 产物 | hit=Os02g0472200; species=rice; confidence=weak |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os02g0472200- identity=37; qcov=0.182; evalue=1.28e-06; confidence=weak |
| GO | GO:0005634 (nucleus); GO:0016926 (protein desumoylation); GO:0016929 (deSUMOylase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02902 (Peptidase_C48) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131026006 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057811769.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057811769.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057811769.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057811769.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057811769.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:46206150 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B4,D1 |
Chr5:46206152 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B85,D3 |
Chr5:46206533 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B24 |
Chr5:46206551 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B27 |
Chr5:46206637 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B10,C76 |
Chr5:46206726 |
CGA |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 204 | A1,A10,A11,A13,A14,A15,A16,A18,A2,A20,A21,A22,A23,A25,A3,A5,A6,A7,A9,B1,B10,B100,B101,B102,B103,B104,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B120,B121,B122,B123,B125,B126,B127,B129,B13,B131,B134,B135,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B23,B24,B26,B27,B28,B29,B3,B31,B32,B33,B35,B37,B39,B4,B40,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B48,B5,B50,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B59,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B67,B68,B69,B71,B73,B75,B76,B77,B78,B79,B8,B80,B81,B83,B84,B85,B87,B89,B9,B90,B91,B93,B94,B95,B96,B97,B98,C1,C10,C13,C14,C16,C17,C2,C20,C22,C23,C24,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C30,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C41,C42,C43,C44,C45,C46,C48,C50,C52,C53,C54,C56,C57,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C66,C67,C71,C72,C73,C74,C75,C76,C77,C78,C8,C80,C81,C82,C83,C84,C85,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D6,D7,D8,D9 |
Chr5:46206744 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B6,C63,D2 |
Chr5:46206760 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | B27 |
Chr5:46206760 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B27 |
Chr5:46206825 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B80,B95,B98,C50 |
Chr5:46206947 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A16,B131,B46,B53,B69 |
Chr5:46206948 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A10,B83,D4 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057811769.1PF02902
Peptidase_C48 371-464 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057811769.1 |
Pfam | PF02902 |
Peptidase_C48 | Domain | 371 | 464 | 1.2e-10 | 42.3 | Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。