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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002513

染色体: Chr01 坐标: 43054372-43064125 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002513
名称SmilChr01G002513
描述uncharacterized SmilChr01G002513
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向43054372 - 43064125 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026009
GeneID131026009
locus_tag-
NCBI NameLOC131026009
原始查询LOC131026009

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述C2 domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821366]; symbol=ATSYTF; hit=AT3G18370; species=arabidopsis; confidence=high
产物C2 domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821366]; symbol=ATSYTF; hit=AT3G18370; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G18370 (ATSYTF)
C2 domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821366]
identity=54.8; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0128800 (OsNTMC2T3)
-
identity=44.7; qcov=0.228; evalue=5.46e-43; confidence=weak
GOGO:0008289 (lipid binding)
KEGG-
PfamPF00168 (C2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026009

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.60000 XP_057811774.1
2 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057811774.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057811774.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057811774.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811774.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:43054915 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 1 D10
Chr1:43054915 GT G 1bp_deletion CDS_variant 1 D10
Chr1:43054960 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 7 B11,B129,B33,B35,B46,B83,C19
Chr1:43056500 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77
Chr1:43058604 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr1:43060759 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 15 B115,B132,B136,B16,B20,B31,B42,B43,B51,B71,C47,C49,C51,C80,D7
Chr1:43060846 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B94,C50,C76,C84
Chr1:43060971 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B110,D3
Chr1:43060974 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B11,B64,C20,C4,C77
Chr1:43061362 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B128
Chr1:43062320 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr1:43062339 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811774.1
822 aa
N
1
411
822
C2
C2
C2
C
PF00168 C2 290-393 aa PF00168 C2 480-577 aa PF00168 C2 613-708 aa
XP_057811779.1
786 aa
N
1
393
786
C2
C2
C2
C
PF00168 C2 254-357 aa PF00168 C2 444-541 aa PF00168 C2 577-672 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811774.1 Pfam PF00168 C2 Domain 290 393 4.9e-46 155.9 C2 domain
XP_057811774.1 Pfam PF00168 C2 Domain 480 577 4.9e-46 155.9 C2 domain
XP_057811774.1 Pfam PF00168 C2 Domain 613 708 4.9e-46 155.9 C2 domain
XP_057811779.1 Pfam PF00168 C2 Domain 254 357 4e-46 156.2 C2 domain
XP_057811779.1 Pfam PF00168 C2 Domain 444 541 4e-46 156.2 C2 domain
XP_057811779.1 Pfam PF00168 C2 Domain 577 672 4e-46 156.2 C2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955791.1
CCACCTTCAACAACCTTTCTTTTGCTGCCGCTGTTTCTTCTTAGTTCTTAACTAAATTTTCTCTCACTTTAACCATCACCATTACTTTTCAGCTCTGCTGCTCAATGTTATATATAAAAATCAATACTTTTTCTTTTTGCCCTTTGGATTTTGAGCAAATGATTTGCAGCTACTTTACTCTCAGTTGCCAAAGATGAACAAAATTGCACTAAGCGCTGAATTCTTGATGGGCCCAATTTTTCTTTCCCTCTTTCTAACGG...
XM_057955796.1
CCACCTTCAACAACCTTTCTTTTGCTGCCGCTGTTTCTTCTTAGTTCTTAACTAAATTTTCTCTCACTTTAACCATCACCATTACTTTTCAGCTCTGCTGCTCAATGTTATATATAAAAATCAATACTTTTTCTTTTTGCCCTTTGGATTTTGAGCAAATGATTTGCAGCTACTTTACTCTCAGTTGCCAAAGATGAACAAAATTGCACTAAGCGCTGAATTCTTGATGGGCCCAATTTTTCTTTCCCTCTTTCTAACGG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131026009
ATGGGAAGAACAAAGAAGAAATTGTTTGACGTGAAGGGGGCGGTGGAGTCATGGTACAAGTTGCTGGAGCAGCAACCGCTGCTTCCGTTTGTTGTACCTCTGCTGCTGTTCCTTTGGGCTGTGGAGAAGTGGTTTTTCTCTCTGTCAAATTGGGTGCTTCTTGGTTGTGCTGTTTGGGCAACAATTCAGTATGGAAGTTATCAGCAACGAAACATTGTAGACGACTTGAATAAGAAATGGATGCAAGTAGCACTACATGC...
LOC131026009
ATGGGAAGAACAAAGAAGAAATTGTTTGACGTGAAGGGGGCGGTGGAGTCATGGTACAAGTTGCTGGAGCAGCAACCGCTGCTTCCGTTTGTTGTACCTCTGCTGCTGTTCCTTTGGGCTGTGGAGAAGTGGTTTTTCTCTCTGTCAAATTGGGTGCTTCTTGGTTGTGCTGTTTGGGCAACAATTCAGTATGGAAGTTATCAGCAACGAAACATTGTAGACGACTTGAATAAGAAATGGATGCAAGTAGCACTACATGC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057811774.1
MGRTKKKLFDVKGAVESWYKLLEQQPLLPFVVPLLLFLWAVEKWFFSLSNWVLLGCAVWATIQYGSYQQRNIVDDLNKKWMQVALHASPVTPLEHCEWLNKLLMEVWLNYINPKLSSRFASIVERRLKHRKSRLIERIELQGFSLGSRPPLLGLQGTCWATSGDQRILRCSFDWDSDDVNILLSAKLAMPLMGTARIVVNSIHVKGNLLFMPILEGKAIAYCFVSTPEVRLGVAFGSGGSQSLPATELPGVSSWLVKLAT...
XP_057811779.1
MGRTKKKLFDVKGAVESWYKLLEQQPLLPFVVPLLLFLWAVEKWFFSLSNWVLLGCAVWATIQYGSYQQRNIVDDLNKKWMQVALHASRRLKHRKSRLIERIELQGFSLGSRPPLLGLQGTCWATSGDQRILRCSFDWDSDDVNILLSAKLAMPLMGTARIVVNSIHVKGNLLFMPILEGKAIAYCFVSTPEVRLGVAFGSGGSQSLPATELPGVSSWLVKLATETLNKRMVEPRRQCLALPPEDLHKKAVGGILYVTVL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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