同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003485

染色体: Chr05 坐标: 46299286-46299894 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003485
名称SmilChr05G003485
描述secreted RxLR effector protein 161-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向46299286 - 46299894 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026011
GeneID131026011
locus_tag-
NCBI NameLOC131026011
原始查询LOC131026011

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述secreted RxLR effector protein 161-like
产物secreted RxLR effector protein 161-like
ArabidopsisAT4G23160 (CRK8)
cysteine-rich RECEPTOR-like kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828415]
identity=38.99; qcov=0.787; evalue=1.8e-24; confidence=medium
RiceOs10g0432200
-
identity=35.85; qcov=0.787; evalue=9.18e-26; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026011

打开注释模块

非零投票定位候选(最多五项)

Rank定位位置中文五折投票比例Protein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057811773.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057811773.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057811773.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:46299297 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,D4,D9
Chr5:46299337 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C76
Chr5:46299474 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr5:46299498 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr5:46299513 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 9 A3,B59,B60,B73,B86,C23,C25,C3,D4
Chr5:46299518 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr5:46299526 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B54,C10
Chr5:46299548 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B71,B93
Chr5:46299551 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B58,C32,C68
Chr5:46299601 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,B22,B43
Chr5:46299616 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B16,C39,C56,C67
Chr5:46299642 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,B17

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955790.1
ATGGATAAAGCGCATCCATTAACATCACCAATGGTCGTTAGAACACTTGATGTGAATAAAGACCCATTTCGACCAATTGAAGATGGAGAAATAACACTTGGTCCTGAAGTACCGTATCTTACTGCAATTGGAGCATTGACTTATCTAGCTAATAACACTAGACCAGATATAGCATTTTCTGTAAATCTCCTTGCGAGATATAGCTATGCCCCCACTTTAAGACATTGGAATGGTATTAAACACATTCTACGCTATCTAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080391.1_cds_XP_057811773.1_29237
ATGGATAAAGCGCATCCATTAACATCACCAATGGTCGTTAGAACACTTGATGTGAATAAAGACCCATTTCGACCAATTGAAGATGGAGAAATAACACTTGGTCCTGAAGTACCGTATCTTACTGCAATTGGAGCATTGACTTATCTAGCTAATAACACTAGACCAGATATAGCATTTTCTGTAAATCTCCTTGCGAGATATAGCTATGCCCCCACTTTAAGACATTGGAATGGTATTAAACACATTCTACGCTATCTAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811773.1
MDKAHPLTSPMVVRTLDVNKDPFRPIEDGEITLGPEVPYLTAIGALTYLANNTRPDIAFSVNLLARYSYAPTLRHWNGIKHILRYLKGTVDLVLYYSKGLDYSLVGYADAGYLSDPHKAKSQTGYVFTCGGTAISWKSVKQSLTATSSNHSELIAIHEASRECVWLRNMTSYIQETCGLASPKDNPTVLYEDNAACIAQLKE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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