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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003518`

染色体: Chr05 坐标: 46986026-46987370 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003518`
名称	SmilChr05G003518
描述	uncharacterized SmilChr05G003518
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	46986026 - 46987370 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131026024`
GeneID	`131026024`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131026024`
原始查询	`LOC131026024`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Copia-like polyprotein/retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840305]; symbol=AT1G34070; hit=AT1G34070; species=arabidopsis; confidence=low
产物	Copia-like polyprotein/retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840305]; symbol=AT1G34070; hit=AT1G34070; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G34070` (AT1G34070) Copia-like polyprotein/retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840305] identity=28; qcov=1.12; evalue=6.56e-14; confidence=low
Rice	`Os02g0671800` - identity=33.3; qcov=0.402; evalue=8.28e-10; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF14223 (Retrotran_gag_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131026024

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057811786.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057811786.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811786.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811786.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057811786.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:46986055`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B104,B78,C50
`Chr5:46986083`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B17,B26,C78,D7
`Chr5:46986108`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B42,B43
`Chr5:46986120`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr5:46986130`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B139,C14,C83
`Chr5:46986155`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B37
`Chr5:46986159`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A19,B139,C14,C30,C83
`Chr5:46986172`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B22,B74
`Chr5:46986175`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B37
`Chr5:46986176`	`CCG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	6	A19,B101,B139,C14,C30,C83
`Chr5:46986209`	`A`	`ACT`	2bp_insertion	frameshift_variant	4	A19,B101,C14,C30
`Chr5:46986209`	`A`	`ACT`	2bp_insertion	CDS_variant	4	A19,B101,C14,C30

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811786.1

224 aa

112

224

Retrotran_gag_2

PF14223 Retrotran_gag_2 77-171 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811786.1`	Pfam	`PF14223`	Retrotran_gag_2	Domain	77	171	3.7e-09	37.3	gag-polypeptide of LTR copia-type

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955803.1
ATGGATACTACATCCACCAATCTTCCTTCGCTTCATCCTATTAGCGTGAAACTTGATCGCACCAATTACAACTTCTGGAAAACTCAAGTCTATGCTACAGCCTGCGCCTATGGATTCAATGATCTTCTTCTTCGCGACACAGCTCCGTCGCCGACTCTTTCATCTACATTTGATGCTGAATCAATCTCCAATCCAGAGTATCTTGCGTGGTTGCGCAAGGATCAATTTTCAAAAGCTCGAGCAGCTCAACTACGTCTCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131026024
ATGGATACTACATCCACCAATCTTCCTTCGCTTCATCCTATTAGCGTGAAACTTGATCGCACCAATTACAACTTCTGGAAAACTCAAGTCTATGCTACAGCCTGCGCCTATGGATTCAATGATCTTCTTCTTCGCGACACAGCTCCGTCGCCGACTCTTTCATCTACATTTGATGCTGAATCAATCTCCAATCCAGAGTATCTTGCGTGGTTGCGCAAGGATCAATTTTCAAAAGCTCGAGCAGCTCAACTACGTCTCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811786.1
MDTTSTNLPSLHPISVKLDRTNYNFWKTQVYATACAYGFNDLLLRDTAPSPTLSSTFDAESISNPEYLAWLRKDQFSKARAAQLRLQLQTLKKGDSSIDDYILKFRGISDQLHNIGQAIPESDLVNYVLAGLGPEYESVSVFLQARCEELSVDDTQFALQTHEIRLLNQSTAANTTAFTASSTQQQPNHQANIAYNQQNQRGRGGRSSNRSSGNRGGRGGGDSY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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