Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003542`

染色体: Chr05 坐标: 47296989-47298351 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003542`
名称	SmilChr05G003542
描述	uncharacterized SmilChr05G003542
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	47296989 - 47298351 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131026029`
GeneID	`131026029`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131026029`
原始查询	`LOC131026029`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os11g0256400; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os11g0256400; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`AT1G06740` (MUG3) MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3766669] identity=20.6; qcov=1.1; evalue=1.02e-08; confidence=weak
Rice	`Os11g0256400` - identity=24.6; qcov=0.94; evalue=2.53e-16; confidence=weak
GO	GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF04434 (SWIM)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131026029

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057811790.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057811790.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811790.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811790.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057811790.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:47296992`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr5:47297006`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	151	A1,A10,A11,A15,A20,A22,A23,A24,A3,A5,A8,A9,B1,B100,B101,B102,B103,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B115,B120,B122,B125,B127,B13,B132,B133,B134,B135,B136,B139,B140,B16,B17,B18,B19,B20,B21,B22,B24,B27,B29,B30,B31,B34,B35,B36,B38,B39,B40,B44,B5,B51,B53,B54,B55,B56,B57,B59,B6,B61,B63,B66,B67,B68,B69,B72,B73,B74,B76,B8,B80,B83,B87,B88,B89,B90,B91,B92,B93,B96,B97,B99,C1,C10,C13,C14,C16,C17,C18,C2,C20,C21,C22,C23,C29,C3,C30,C32,C34,C36,C37,C39,C4,C41,C42,C43,C44,C45,C47,C48,C49,C5,C50,C52,C53,C54,C55,C58,C60,C61,C64,C65,C66,C67,C68,C71,C72,C73,C74,C76,C78,C79,C82,C83,C84,C86,C87,D11,D2,D3,D4,D5,D6,D7,D8,D9
`Chr5:47297009`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B78,C1,C28,C8
`Chr5:47297013`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B78,C1,C28,C8
`Chr5:47297027`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B135,C28
`Chr5:47297062`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	9	B118,B127,B140,B5,B79,C71,C75,C79,D4
`Chr5:47297079`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B125,B83,B90,C87
`Chr5:47297099`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B53,C36
`Chr5:47297104`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr5:47297111`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C32,C68
`Chr5:47297124`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr5:47297138`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B125,B140,B90,B92,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811790.1

268 aa

134

268

SWIM

PF04434 SWIM 122-146 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811790.1`	Pfam	`PF04434`	SWIM	Domain	122	146	7.1e-07	29.3	SWIM zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955807.1
ATGAACTTGGCCCCATTTGTTGAACACTGTAATTGTGTGAGGCACGTGTACTATAATTGGAAGAAGAATTTCAAAGGTCCAACATTGAAAAATATCTTCTGGAAAGCAGTAAGGAGTACTTACCAAGAAGAATGGAATGCAACAGTTGAGGAGATGAAGCTTGAAGATCCTGCCGCTTATAATGATTTTATGGAGAAAGATTACACCAGATTTTGCAAGTCTCGAAGTAAGTACATCATTAACATGCTCGAAGACATTAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131026029
ATGAACTTGGCCCCATTTGTTGAACACTGTAATTGTGTGAGGCACGTGTACTATAATTGGAAGAAGAATTTCAAAGGTCCAACATTGAAAAATATCTTCTGGAAAGCAGTAAGGAGTACTTACCAAGAAGAATGGAATGCAACAGTTGAGGAGATGAAGCTTGAAGATCCTGCCGCTTATAATGATTTTATGGAGAAAGATTACACCAGATTTTGCAAGTCTCGAAGTAAGTACATCATTAACATGCTCGAAGACATTAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811790.1
MNLAPFVEHCNCVRHVYYNWKKNFKGPTLKNIFWKAVRSTYQEEWNATVEEMKLEDPAAYNDFMEKDYTRFCKSRSKYIINMLEDIRVALRKKQYKKLQLVEGLGGKFEVQIFDDRFIIVCLGTKTCSCRLWDITGICCAHVMSAIHFMKEDPTVYVHECYSFDKYLKAYGYGLELINGEKMWPKGVGNSVQPSVVRTMPGRPKMKRKRGRQFLRREHRLGGALVYCNVKGRATYTSLLELEQHSFHRDKEVGEEEEGLE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器