当前解析结果
SmilChr05G003549| 统一新 Gene ID | SmilChr05G003549 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G003549 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr05G003549 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 47409259 - 47409825 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131026033 |
|---|---|
| GeneID | 131026033 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131026033 |
| 原始查询 | LOC131026033 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF14303 (NAM-associated) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131026033 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057811793.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057811793.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057811793.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057811793.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057811793.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:47409375 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B137 |
Chr5:47409392 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B137 |
Chr5:47409418 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B140,C54 |
Chr5:47409418 |
GA |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | B140,C54 |
Chr5:47409436 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 123 | A1,A11,A18,A20,A21,A23,A3,A4,A5,A6,A7,A8,B1,B10,B104,B108,B110,B118,B119,B12,B120,B122,B125,B126,B13,B130,B132,B133,B135,B136,B137,B139,B140,B16,B17,B2,B20,B21,B22,B24,B28,B31,B34,B35,B37,B38,B4,B41,B42,B43,B45,B47,B48,B5,B51,B54,B58,B6,B60,B64,B65,B67,B68,B71,B74,B75,B8,B80,B82,B83,B85,B87,B91,B93,B94,B98,C1,C10,C13,C15,C18,C19,C2,C25,C28,C3,C30,C31,C32,C33,C35,C37,C38,C39,C42,C43,C48,C5,C52,C54,C56,C58,C6,C60,C62,C65,C67,C68,C71,C76,C77,C8,C82,C83,C84,C86,D10,D11,D3,D4,D6,D7,D9 |
Chr5:47409446 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B131,B46,B53,C9 |
Chr5:47409449 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B28,B93 |
Chr5:47409453 |
G |
GTT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B137 |
Chr5:47409453 |
G |
GTT |
2bp_insertion | CDS_variant | 1 | B137 |
Chr5:47409455 |
AAC |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B137 |
Chr5:47409455 |
AAC |
A |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B137 |
Chr5:47409456 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 67 | A1,A13,A18,A19,A23,A9,B101,B102,B103,B109,B110,B111,B113,B114,B118,B122,B123,B125,B129,B13,B139,B14,B15,B24,B3,B33,B4,B40,B50,B52,B55,B56,B59,B65,B66,B67,B70,B76,B77,B79,B86,B87,B88,B89,B91,B98,C11,C12,C16,C17,C18,C26,C3,C36,C39,C4,C54,C56,C68,C69,C7,C72,C79,C8,C82,D1,D7 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057811793.1PF14303
NAM-associated 33-158 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057811793.1 |
Pfam | PF14303 |
NAM-associated | Family | 33 | 158 | 1.2e-07 | 33.4 | No apical meristem-associated C-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。