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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003549

染色体: Chr05 坐标: 47409259-47409825 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003549
名称SmilChr05G003549
描述uncharacterized SmilChr05G003549
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向47409259 - 47409825 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026033
GeneID131026033
locus_tag-
NCBI NameLOC131026033
原始查询LOC131026033

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF14303 (NAM-associated)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026033

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057811793.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811793.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811793.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811793.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057811793.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:47409375 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B137
Chr5:47409392 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B137
Chr5:47409418 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 2 B140,C54
Chr5:47409418 GA G 1bp_deletion CDS_variant 2 B140,C54
Chr5:47409436 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 123 A1,A11,A18,A20,A21,A23,A3,A4,A5,A6,A7,A8,B1,B10,B104,B108,B110,B118,B119,B12,B120,B122,B125,B126,B13,B130,B132,B133,B135,B136,B137,B139,B140,B16,B17,B2,B20,B21,B22,B24,B28,B31,B34,B35,B37,B38,B4,B41,B42,B43,B45,B47,B48,B5,B51,B54,B58,B6,B60,B64,B65,B67,B68,B71,B74,B75,B8,B80,B82,B83,B85,B87,B91,B93,B94,B98,C1,C10,C13,C15,C18,C19,C2,C25,C28,C3,C30,C31,C32,C33,C35,C37,C38,C39,C42,C43,C48,C5,C52,C54,C56,C58,C6,C60,C62,C65,C67,C68,C71,C76,C77,C8,C82,C83,C84,C86,D10,D11,D3,D4,D6,D7,D9
Chr5:47409446 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B131,B46,B53,C9
Chr5:47409449 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B28,B93
Chr5:47409453 G GTT 2bp_insertion frameshift_variant 1 B137
Chr5:47409453 G GTT 2bp_insertion CDS_variant 1 B137
Chr5:47409455 AAC A 2bp_deletion frameshift_variant 1 B137
Chr5:47409455 AAC A 2bp_deletion CDS_variant 1 B137
Chr5:47409456 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 67 A1,A13,A18,A19,A23,A9,B101,B102,B103,B109,B110,B111,B113,B114,B118,B122,B123,B125,B129,B13,B139,B14,B15,B24,B3,B33,B4,B40,B50,B52,B55,B56,B59,B65,B66,B67,B70,B76,B77,B79,B86,B87,B88,B89,B91,B98,C11,C12,C16,C17,C18,C26,C3,C36,C39,C4,C54,C56,C68,C69,C7,C72,C79,C8,C82,D1,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811793.1
188 aa
N
1
94
188
NAM-associated
C
PF14303 NAM-associated 33-158 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811793.1 Pfam PF14303 NAM-associated Family 33 158 1.2e-07 33.4 No apical meristem-associated C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955810.1
ATGAGTGGAATTAGCGACAACGATGTTGAGAAAGAAGCTCATTCGATTTACAAAGCAGGTGGGAGCAAGTTTCAAGACTTAGTTGTATTTAATGAAGTTATGAGTAAACATCCCAAGTGGAATCTTTATGATACAACACCAATTTTTTCTCATGCAAGTGAAGATGTTGATAACCATCAAAGTGGTGGCAGCTCGAAACGATCAAAGACTTCAGAAGATAGGGGGTTTTCTGTCCCCTCCAATCCAGAAACTCCAACATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026033
ATGAGTGGAATTAGCGACAACGATGTTGAGAAAGAAGCTCATTCGATTTACAAAGCAGGTGGGAGCAAGTTTCAAGACTTAGTTGTATTTAATGAAGTTATGAGTAAACATCCCAAGTGGAATCTTTATGATACAACACCAATTTTTTCTCATGCAAGTGAAGATGTTGATAACCATCAAAGTGGTGGCAGCTCGAAACGATCAAAGACTTCAGAAGATAGGGGGTTTTCTGTCCCCTCCAATCCAGAAACTCCAACATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811793.1
MSGISDNDVEKEAHSIYKAGGSKFQDLVVFNEVMSKHPKWNLYDTTPIFSHASEDVDNHQSGGSSKRSKTSEDRGFSVPSNPETPTSEQSTTTRPIGRDKAKRKGKGKASQSESTNESVVAAEIRAMKLTRDAEAELIKTRIELEHGKLQRNAMKVKEKMLLQLLVKDHLSPVDKEMKRQLTKIVFGE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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