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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003575

染色体: Chr05 坐标: 47744310-47745000 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003575
名称SmilChr05G003575
描述beta-galactosidase 5-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向47744310 - 47745000 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026044
GeneID131026044
locus_tag-
NCBI NameLOC131026044
原始查询LOC131026044

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述beta-galactosidase 5-like
产物beta-galactosidase 5-like
ArabidopsisAT4G36360 (BGAL3)
beta-galactosidase 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829788]
identity=57.8; qcov=0.978; evalue=2.82e-74; confidence=high
RiceOs03g0165400 (OsBgal1)
-
identity=66.8; qcov=0.984; evalue=8.59e-89; confidence=high
GOGO:0004565 (beta-galactosidase activity); GO:0005618 (cell wall); GO:0005773 (vacuole); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process)
KEGG-
PfamPF21467 (BetaGal_gal-bd)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026044

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057811803.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057811803.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811803.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811803.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811803.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:47744341 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B22,B33,B69,B9
Chr5:47744398 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118
Chr5:47744405 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C86
Chr5:47744405 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C86
Chr5:47744414 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B28,B93
Chr5:47744418 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B1,B104,B2,B37,D11
Chr5:47744483 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B22,B33,B69,B9
Chr5:47744539 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B31
Chr5:47744570 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,A3,B35
Chr5:47744591 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 17 A18,B120,B22,B34,B60,B8,B82,B83,B85,B91,C10,C15,C18,C30,C42,C52,C84
Chr5:47744595 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 9 A1,B100,B133,B4,B64,B72,C24,C3,D11
Chr5:47744687 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 5 A20,A3,B54,B87,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811803.1
184 aa
N
1
92
184
BetaGal_gal-bd
C
PF21467 BetaGal_gal-bd 12-96 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811803.1 Pfam PF21467 BetaGal_gal-bd Domain 12 96 1.2e-26 93.4 Beta-galactosidase, galactose-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955820.1
ATGGCAGCTCTTGCCCAAAATCAGCAGCCCCTTCGATGGTACAAGGCGTATTGTGAGGCGCCAAATGGAGACGGGCCGTTGGCATTGGACATGGGAAGCATGGGGAAAGGTCAAGTGTGGATCAATGGACAAAGCATAGGAAGATATTGGACGGCTGTAGCAAATGGAAGCTGCGGAGTTTGCCACTACACCGGTCCATACCGATCCCCTAAATGTCAAGCTGATTGCGGCCAACCAACTCAACGATGGTACCATGTGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026044
ATGGCAGCTCTTGCCCAAAATCAGCAGCCCCTTCGATGGTACAAGGCGTATTGTGAGGCGCCAAATGGAGACGGGCCGTTGGCATTGGACATGGGAAGCATGGGGAAAGGTCAAGTGTGGATCAATGGACAAAGCATAGGAAGATATTGGACGGCTGTAGCAAATGGAAGCTGCGGAGTTTGCCACTACACCGGTCCATACCGATCCCCTAAATGTCAAGCTGATTGCGGCCAACCAACTCAACGATGGTACCATGTGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811803.1
MAALAQNQQPLRWYKAYCEAPNGDGPLALDMGSMGKGQVWINGQSIGRYWTAVANGSCGVCHYTGPYRSPKCQADCGQPTQRWYHVPRSWLQPKQNLVVLVEELGGDPSRISLVKRTTRSVCVDAVQRHPMVANYQVESTSTKRMLHQAKVPLQCARGQSISTIKFASYRTPTGTCASFRVGSC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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