Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003645`

染色体: Chr05 坐标: 48877692-48881740 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003645`
名称	SmilChr05G003645
描述	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	48877692 - 48881740 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131026064`
GeneID	`131026064`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131026064`
原始查询	`LOC131026064`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
产物	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
Arabidopsis	`AT4G38180` (FRS5) FAR1-related sequence 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829974] identity=30.8; qcov=0.693; evalue=2.55e-85; confidence=low
Rice	`Os02g0202800` (OJ1135_F06.10-2) - identity=27.3; qcov=0.724; evalue=7.82e-68; confidence=low
GO	GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF03101 (FAR1); PF10551 (MULE); PF21056 (ZSWIM1-3_RNaseH-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131026064

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057811824.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057811824.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811824.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811824.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057811824.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:48877705`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B14,B26,C37,C62
`Chr5:48877727`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B47,C56,C65
`Chr5:48877749`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C4
`Chr5:48877754`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B74,B77,C32,C68
`Chr5:48877769`	`TGA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	A11,B66
`Chr5:48877769`	`TGA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	2	A11,B66
`Chr5:48877778`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B42,B43,D6
`Chr5:48877782`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	22	A1,A16,A25,B104,B130,B138,B24,B4,B41,B47,B54,B72,B75,B97,C28,C33,C38,C5,C55,C69,C74,C83
`Chr5:48877787`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B66
`Chr5:48877787`	`G`	`GA`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B66
`Chr5:48877788`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A25,B4,C69
`Chr5:48877789`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811824.1

821 aa

410

821

FAR1

ZSWIM1-3_RNaseH-like

MULE

PF03101 FAR1 153-236 aa PF21056 ZSWIM1-3_RNaseH-like 328-431 aa PF10551 MULE 358-448 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811824.1`	Pfam	`PF03101`	FAR1	Domain	153	236	4.1e-12	47.4	FAR1 DNA-binding domain
`XP_057811824.1`	Pfam	`PF21056`	ZSWIM1-3_RNaseH-like	Domain	328	431	3e-08	34.4	Zinc finger SWIM domain-containing protein 1/3, RNaseH-like domain
`XP_057811824.1`	Pfam	`PF10551`	MULE	Domain	358	448	7.4e-24	84.7	MULE transposase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955841.1
ATGACGCCGGTCGCCGGTACGGTGGGGAGAGGCAGCGCCGCGCAGACGAGCTTTGAGCCGCGGTGCAGTCGCGCAGCTGAGATCGGCGAGAAGTCGCGCAGCGAGCTCCGAGATCTGGGGCAGGCGGCAGCGCGTCTCAGCGGCTGTCGATGCTCCTCCGGCGCGGTCAACGACCGGTGCAGATCTCTCCTCTCTTCTGCTCTGCTGCAACGGGCCGTAGGTGGCGACGCCGACTGCTGCTGCTTCTCAACGGAGATCTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131026064
ATGACGCCGGTCGCCGGTACGGTGGGGAGAGGCAGCGCCGCGCAGACGAGCTTTGAGCCGCGGTGCAGTCGCGCAGCTGAGATCGGCGAGAAGTCGCGCAGCGAGCTCCGAGATCTGGGGCAGGCGGCAGCGCGTCTCAGCGGCTGTCGATGCTCCTCCGGCGCGGTCAACGACCGGTGCAGATCTCTCCTCTCTTCTGCTCTGCTGCAACGGGCCGTAGGTGGCGACGCCGACTGCTGCTGCTTCTCAACGGAGATCTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811824.1
MTPVAGTVGRGSAAQTSFEPRCSRAAEIGEKSRSELRDLGQAAARLSGCRCSSGAVNDRCRSLLSSALLQRAVGGDADCCCFSTEICSRNAGCCNSFAGHGAAAHGTPAAAHGGDGVFSDQSSTSDTVFLPQCDDEFKPIVGKNFSSLDDGEKFYMAYAKRCGFKSRLGAVKRKKSGVIISRLIFCSREGLSKSGGNIRSRMSTRVDSKARIILRVVDGGSYTIVNFIEGHSHRFVSDNLQHFMLSNRKLDHGHKKFVLI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器