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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002523

染色体: Chr01 坐标: 43196514-43200220 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002523
名称SmilChr01G002523
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g12460
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向43196514 - 43200220 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026065
GeneID131026065
locus_tag-
NCBI NameLOC131026065
原始查询LOC131026065

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g12460
产物probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g12460
ArabidopsisAT1G62950 (AT1G62950)
leucine-rich repeat transmembrane protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842597]
identity=58.2; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0127700
-
identity=53.3; qcov=0.984; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026065

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057811825.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057811825.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811825.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811825.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811825.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:43197362 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr1:43197890 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B105,B122,D3,D6
Chr1:43198348 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B3,B59,C18,C48
Chr1:43198399 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C50,C76,C84
Chr1:43198723 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 1 B138
Chr1:43198723 T TC 1bp_insertion CDS_variant 1 B138
Chr1:43198947 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B108,B66,C23
Chr1:43199471 GTC G 2bp_deletion frameshift_variant 1 D1
Chr1:43199471 GTC G 2bp_deletion CDS_variant 1 D1
Chr1:43199570 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,C13
Chr1:43199610 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B11,B64,C4
Chr1:43199701 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811825.1
877 aa
N
1
438
877
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 31-70 aa PF00560 LRR_1 122-144 aa PF00560 LRR_1 195-215 aa PF00560 LRR_1 316-337 aa PF00560 LRR_1 388-409 aa PF13855 LRR_8 411-470 aa PF00560 LRR_1 412-433 aa PF00560 LRR_1 435-457 aa PF00069 Pkinase 599-807 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 599-867 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811825.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 31 70 8.2e-05 23.5 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057811825.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 122 144 4.5e-35 112.8 Leucine Rich Repeat
XP_057811825.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 195 215 4.5e-35 112.8 Leucine Rich Repeat
XP_057811825.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 316 337 4.5e-35 112.8 Leucine Rich Repeat
XP_057811825.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 388 409 4.5e-35 112.8 Leucine Rich Repeat
XP_057811825.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 411 470 7e-30 103.3 Leucine rich repeat
XP_057811825.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 412 433 4.5e-35 112.8 Leucine Rich Repeat
XP_057811825.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 435 457 4.5e-35 112.8 Leucine Rich Repeat
XP_057811825.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 599 807 1.7e-32 113.6 Protein kinase domain
XP_057811825.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 599 867 2.1e-33 116.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955842.1
GAAGAAAAATAATTGATGCTGTCAATACAAATGGAAAGCAGACCAAAATCTTTAATGCGGAACAAACCGCATTCAATTCCACCAACTTCTTATTTCTACTTCTTTCTTTTCATTTGTGTATGATTTTTTCTCCTTAAGTTTGTTGCTGTTTTCCAGTCACTGCCGGGAATCTACAGCGGCGGTGGTGGTGGTGTGGCGGTTGTTGGAGGGAATAAATGCTCTCTTTGCTGTGATGAAACGGACACTTTGATCGAAAGCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026065
ATGAGAAAACTAGGTACAATTTCCCACAGAATTGCTTTTCTCTACGCCTTCTACTTGCTTAATATTGTCATAATCTTCGTCTCTCCCATCACTGAAAAGGAGATTTTGCTTCAATTCAAGGGTGACATTTGGGATGACCCTTTTGATTGTTTGAAGAATTGGGATTCTAGTAAAAACCCCTGCCAAGATTATGGTGGGGTTTTTTGTGATTCAGATGGAAATGTTGTGAAAATTCTGTTGTGGAATTGTAGTCTTGGTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811825.1
MRKLGTISHRIAFLYAFYLLNIVIIFVSPITEKEILLQFKGDIWDDPFDCLKNWDSSKNPCQDYGGVFCDSDGNVVKILLWNCSLGGILSPALSGLKSLRIISLFGNKLTGNIPVEYGEIGSLWKINLSSNALSGSIPEFLGDLPSIRFLDLSRNEYAGEIPSALFKNCYKTRFVSLAHNKLSGSIPVSVKNCLNLEGIDLSFNALSGRFPSEFCEIPSIVYLSVRSNKLSGSVEEQVAKCRSLNLLDLGSNAFTGPAPL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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