同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003654

染色体: Chr05 坐标: 49174159-49175537 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003654
名称SmilChr05G003654
描述proline-rich receptor-like protein kinase PERK14
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向49174159 - 49175537 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026068
GeneID131026068
locus_tag-
NCBI NameLOC131026068
原始查询LOC131026068

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述proline-rich receptor-like protein kinase PERK14
产物proline-rich receptor-like protein kinase PERK14
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026068

打开注释模块

非零投票定位候选(最多五项)

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五折投票;当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选,投票比例不是校准概率,也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签,应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核,原始投票全部一致。

Rank定位位置中文五折投票比例Protein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057811826.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057811826.1
3 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057811826.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057811826.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:49174223 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,B59,C40,C54
Chr5:49174231 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B111,D2
Chr5:49174232 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr5:49174246 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B111,D2
Chr5:49174302 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D2
Chr5:49174317 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C53,C9
Chr5:49174363 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A19
Chr5:49174369 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,C11,D1
Chr5:49174378 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B16,B32,B33,C50,C58
Chr5:49174518 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B113
Chr5:49174653 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C64

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955843.1
TCAGAGCAGGTCATCTGCTCTGAGTCTATTGCTTGACTGAGTTGAACCTTTGATTACTGGTATCTTTTTAACTTGAGTACTAGTCTAATTTGAATTCTTAGGCTAGTTTGAGAGAGTCAGTTTGAAACGAAACCCCAGCACCCCATCTCCTCCGGCTTAACGAGGTAAGAGGTTGATGTTGTTTCTTATTGCTTTTCTGTTAAAAGCTGAGTTTGGGTTACTAATGAGTTATGAATTGTTTTGATGACGGAATTATTTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080391.1_cds_XP_057811826.1_29480
ATGCCGAGTCATATCGAGACAGCGATGCAGCGATGGTTCAGGGAGTATATCCCGGACGAGGATGACACCTTGGGTGAACTTCTGGCACACTATCACCGACGATGGAGGAGGGCTATTCCCTATGGGATCGATGGCGCGGAGGCCATTACGCTTTTGATTCCACTACTGCCACCTTTGTGGCGAGACTGGGCGACATCTTTAGTGCCCCAGTACGTAGATACTACCTGGTTGGAGGGCATCAGGTACGGAGACCTTAGTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811826.1
MPSHIETAMQRWFREYIPDEDDTLGELLAHYHRRWRRAIPYGIDGAEAITLLIPLLPPLWRDWATSLVPQYVDTTWLEGIRYGDLSGFIATLSHRYFGYGDPPSPPYGELEGPAQGRELVVVPPPLEEPILMAPLPPADPISVSLESDDPEPMVFEPYSPGIERDPFAFVSLIPSPSADFPPWDLTPATTPLPLPPVESTQPIDSTESETQHVPSDPYPRVAPLPELGTLAFQTYMHPILYSPYRDDQEGGSRPARSDSD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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