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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003667

染色体: Chr05 坐标: 49604814-49605239 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003667
名称SmilChr05G003667
描述early nodulin-like protein 18
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向49604814 - 49605239 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026072
GeneID131026072
locus_tag-
NCBI NameLOC131026072
原始查询LOC131026072

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述early nodulin-like protein 18
产物early nodulin-like protein 18
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026072

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057811829.1
2 Chromosome 染色体 1.00000 XP_057811829.1
3 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057811829.1
4 Centromere 着丝粒 0.20000 XP_057811829.1
5 Nuclear body 核内小体 0.20000 XP_057811829.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:49604831 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B52
Chr5:49604861 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B84,C1,C29,C50
Chr5:49604867 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A15,B31
Chr5:49604871 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B51,C14,C29
Chr5:49604879 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C59
Chr5:49604883 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C68
Chr5:49604914 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A8,B129,B15,B44,B73
Chr5:49604929 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr5:49604938 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B135,B39,C10,C16
Chr5:49604959 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 76 A1,A10,A11,A15,A19,A20,A23,A3,A4,A8,A9,B10,B101,B105,B109,B11,B119,B120,B121,B125,B127,B132,B133,B135,B138,B139,B14,B15,B17,B24,B29,B30,B32,B35,B38,B41,B43,B49,B60,B67,B69,B73,B84,B9,B90,B92,B98,C1,C12,C20,C23,C3,C31,C33,C36,C4,C40,C41,C49,C50,C53,C58,C60,C61,C62,C68,C75,C79,C81,C82,C83,C86,D11,D2,D8,D9
Chr5:49604963 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12
Chr5:49604978 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B114,B38,B48,B76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955846.1
ATGGTCTCCACCAGACCCAAAAACAAACTCCGAGGCATACCCCAAGGCACAGAGATCGATCTTACCGGAGAAAGCCCCACACCACCGAAACCCAAAGCTTCGAAAAAAACCCCACGTCGGAAACCACTCCCAATGGAAACCACACCAACCCCTTCATCCAAAACCCTGCCGCAAGCCGAGAGCCCCTCGCCGGTGGATGAAAATGTCATCGAGCAACTCACGGCGGAGATAGACATCCCCACACTCGGCATTGGCGACCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026072
ATGGTCTCCACCAGACCCAAAAACAAACTCCGAGGCATACCCCAAGGCACAGAGATCGATCTTACCGGAGAAAGCCCCACACCACCGAAACCCAAAGCTTCGAAAAAAACCCCACGTCGGAAACCACTCCCAATGGAAACCACACCAACCCCTTCATCCAAAACCCTGCCGCAAGCCGAGAGCCCCTCGCCGGTGGATGAAAATGTCATCGAGCAACTCACGGCGGAGATAGACATCCCCACACTCGGCATTGGCGACCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811829.1
MVSTRPKNKLRGIPQGTEIDLTGESPTPPKPKASKKTPRRKPLPMETTPTPSSKTLPQAESPSPVDENVIEQLTAEIDIPTLGIGDQHATEGEGKATPKMAKKGEEEPSKKKQTPTAPKRKKLAAEKSTTPAEESSNERVQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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