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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003679

染色体: Chr05 坐标: 49829780-49830825 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003679
名称SmilChr05G003679
描述uncharacterized SmilChr05G003679
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向49829780 - 49830825 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026078
GeneID131026078
locus_tag-
NCBI NameLOC131026078
原始查询LOC131026078

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os10g0351414; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os10g0351414; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis-
-
RiceOs10g0351414
-
identity=24; qcov=1.29; evalue=1.43e-16; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026078

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057811836.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057811836.1
3 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057811836.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811836.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811836.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:49829815 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 29 A5,B107,B119,B121,B124,B126,B133,B22,B29,B63,B70,B71,B79,B81,C17,C2,C32,C33,C48,C53,C57,C59,C60,C61,C68,C71,C84,C86,C87
Chr5:49829832 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B119,C80
Chr5:49829844 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A4,B10,C35,C56
Chr5:49829850 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 85 A10,A11,A15,A19,A2,A21,A24,B10,B100,B102,B107,B108,B109,B118,B12,B123,B125,B127,B129,B13,B132,B133,B134,B135,B136,B137,B16,B19,B20,B21,B22,B31,B34,B36,B41,B42,B43,B48,B51,B59,B60,B64,B66,B67,B68,B77,B81,B83,B86,B89,B90,B92,B97,C10,C14,C15,C21,C23,C28,C3,C32,C34,C35,C38,C42,C48,C49,C50,C53,C57,C59,C68,C7,C70,C74,C76,C77,C78,C8,C81,C83,C85,D4,D6,D9
Chr5:49829893 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 70 A10,A15,A7,B1,B102,B103,B106,B107,B120,B121,B129,B132,B16,B17,B25,B26,B27,B3,B32,B45,B49,B5,B50,B55,B59,B6,B61,B63,B65,B77,B78,B80,B86,B89,B95,B97,C10,C13,C17,C2,C20,C22,C23,C27,C29,C36,C39,C4,C40,C45,C50,C51,C52,C56,C59,C63,C67,C7,C72,C73,C74,C78,C79,C81,D1,D11,D4,D5,D8,D9
Chr5:49829944 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr5:49829955 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 4 A20,A3,B54,D9
Chr5:49829955 TG T 1bp_deletion CDS_variant 4 A20,A3,B54,D9
Chr5:49829956 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,A22,B133,B36,D5
Chr5:49830000 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 52 A18,A21,A22,A23,A5,A7,B100,B105,B107,B126,B127,B128,B134,B137,B15,B19,B2,B21,B22,B26,B31,B32,B34,B38,B39,B41,B53,B56,B58,B59,B64,B68,B71,B73,B80,B83,B87,B88,B89,B99,C23,C30,C54,C62,C7,C70,C75,C77,C78,C8,C80,C83
Chr5:49830024 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 40 A22,A23,A5,A7,B100,B107,B127,B128,B134,B15,B19,B2,B21,B22,B26,B31,B34,B38,B39,B41,B53,B56,B58,B59,B64,B71,B73,B83,B89,B99,C23,C30,C54,C62,C7,C70,C77,C78,C8,C83
Chr5:49830045 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 1 C81

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955853.1
ATGGTATTTCTTATGGAGACCAAGTTGCTTACGGAAGAGTGGCTGCCGATTTTAGGGCAGTGTGGTTTTAATAACTTTGTTGATGTGGATTGTGATGTTACGTCTGGTGGTCGTCGTGGTGGACTATGTTTGTTGTGGGCTGATGATGTTCTCATTTTGGTTAACTCTTCTTCGCTTCATCATATTCATGCTACGGTTTCTGTCTCTACGCATAATTCTTGGGATTTTTGTGGGATTTATGGTTGGAGTAATACGGAGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026078
ATGGTATTTCTTATGGAGACCAAGTTGCTTACGGAAGAGTGGCTGCCGATTTTAGGGCAGTGTGGTTTTAATAACTTTGTTGATGTGGATTGTGATGTTACGTCTGGTGGTCGTCGTGGTGGACTATGTTTGTTGTGGGCTGATGATGTTCTCATTTTGGTTAACTCTTCTTCGCTTCATCATATTCATGCTACGGTTTCTGTCTCTACGCATAATTCTTGGGATTTTTGTGGGATTTATGGTTGGAGTAATACGGAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811836.1
MVFLMETKLLTEEWLPILGQCGFNNFVDVDCDVTSGGRRGGLCLLWADDVLILVNSSSLHHIHATVSVSTHNSWDFCGIYGWSNTEEHVLTWELLKDLHSRIMGKWMCGGDFNETILSAFRDVIHECGLEDLGFSGIPYTWTNNQKGEDNIMERLDRLWDLGAAVSTVEDLHQKIQAMGPELKIWEKREFGHIKKRCGAIREQLADLQQPHREPHTKTEQRALENELDDLLQKEEIMWRQRSRAVWMAEGDRNFGFFHKV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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