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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003703

染色体: Chr05 坐标: 50116329-50118890 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003703
名称SmilChr05G003703
描述pollen-specific leucine-rich repeat extensin-like protein 2
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向50116329 - 50118890 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026084
GeneID131026084
locus_tag-
NCBI NameLOC131026084
原始查询LOC131026084

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述pollen-specific leucine-rich repeat extensin-like protein 2
产物pollen-specific leucine-rich repeat extensin-like protein 2
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026084

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057811841.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057811841.1
3 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057811841.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811841.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811841.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:50116356 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 1 B8
Chr5:50116356 G GA 1bp_insertion CDS_variant 1 B8
Chr5:50116382 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A24,B7
Chr5:50116393 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C25
Chr5:50116454 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B69,C14,C8,D10
Chr5:50116472 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 120 A10,A11,A15,A21,A22,A25,A3,A6,A8,B1,B100,B101,B107,B108,B111,B112,B113,B115,B118,B119,B12,B120,B124,B125,B126,B127,B130,B131,B132,B14,B140,B16,B17,B18,B2,B21,B24,B26,B27,B3,B30,B31,B32,B39,B41,B42,B43,B45,B47,B51,B52,B54,B56,B57,B59,B6,B62,B63,B64,B65,B66,B68,B69,B7,B71,B73,B74,B77,B78,B79,B8,B80,B81,B85,B87,B88,B94,B97,B98,B99,C14,C18,C2,C20,C23,C25,C27,C28,C29,C34,C36,C39,C40,C41,C43,C44,C45,C47,C48,C51,C56,C57,C58,C59,C60,C62,C63,C66,C68,C69,C7,C77,C78,C8,C81,C83,C84,C87,C9,D1
Chr5:50116475 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 115 A10,A11,A15,A21,A22,A25,A3,A6,A8,B1,B100,B101,B107,B108,B111,B112,B113,B115,B118,B119,B12,B120,B124,B125,B126,B127,B130,B131,B14,B140,B16,B17,B18,B2,B21,B26,B27,B3,B30,B31,B32,B33,B41,B42,B43,B47,B51,B52,B54,B56,B57,B59,B6,B62,B63,B64,B65,B66,B68,B69,B7,B72,B73,B74,B77,B78,B79,B8,B80,B81,B85,B88,B94,B97,B98,B99,C14,C18,C2,C20,C25,C27,C28,C29,C34,C36,C39,C40,C41,C43,C44,C45,C47,C48,C51,C56,C57,C58,C59,C60,C62,C63,C66,C68,C69,C7,C77,C78,C8,C81,C83,C84,C87,C9,D1
Chr5:50116488 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr5:50116533 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,B54,B79,C87
Chr5:50116535 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 6 A15,A6,B113,B43,B79,C18
Chr5:50116545 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A1,B79
Chr5:50116570 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,B127,B3,C48,C7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955858.1
ATGTGGGATGCCATACATGATGTTTTTCTAGTAATCCGTGATTACCTGTCTACTGCTGGTTTTGATTGCAGAGATCCAGTAGAAAATGTTGAGCTGATGGCGGTAAAACAGGAAACCTATAATCAGGTTTACCAGACTAAGCCAGGTGCTGCAAGCTTCAACGATGATCCTGTCTTTGCGGATCTGGAAGCCATCACTTATCCGACTGATGATGCTATGCTTGAGGAGCAACCAACACGTGCAGCCGGTACTGGAGACAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026084
ATGTGGGATGCCATACATGATGTTTTTCTAGTAATCCGTGATTACCTGTCTACTGCTGGTTTTGATTGCAGAGATCCAGTAGAAAATGTTGAGCTGATGGCGGTAAAACAGGAAACCTATAATCAGGTTTACCAGACTAAGCCAGGTGCTGCAAGCTTCAACGATGATCCTGTCTTTGCGGATCTGGAAGCCATCACTTATCCGACTGATGATGCTATGCTTGAGGAGCAACCAACACGTGCAGCCGGTACTGGAGACAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811841.1
MWDAIHDVFLVIRDYLSTAGFDCRDPVENVELMAVKQETYNQVYQTKPGAASFNDDPVFADLEAITYPTDDAMLEEQPTRAAGTGDRAGPDIPGALEGPALTGEQPTEDAAAEDTIIVGTTKILADDPTQSDDDASSKAPTEEPPSPPRPVSPEGPVENVDPYSPKTSPKKSPSPSPEQMDYALKIIPEISTMAGDRDTLPDTEIAKMDVDAPTDIPTNEDVEMVEETSAPDVDASTELADDSVKGTIEEVPKLSTEDVV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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