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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003739

染色体: Chr05 坐标: 50457361-50460665 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003739
名称SmilChr05G003739
描述uncharacterized SmilChr05G003739
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向50457361 - 50460665 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026091
GeneID131026091
locus_tag-
NCBI NameLOC131026091
原始查询LOC131026091

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GOGO:0006508 (proteolysis); GO:0008234 (cysteine-type peptidase activity)
KEGG-
PfamPF02902 (Peptidase_C48)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026091

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057811847.1
2 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057811847.1
3 Nuclear body 核内小体 0.40000 XP_057811847.1
4 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057811847.1
5 PML body PML body 0.20000 XP_057811847.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:50457409 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C24,C50
Chr5:50457462 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C12,C13,C83,C84
Chr5:50458447 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16
Chr5:50458460 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:50458654 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C20
Chr5:50458812 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr5:50458921 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,D4
Chr5:50459094 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B54,B77
Chr5:50459117 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr5:50459125 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B107
Chr5:50459125 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B107
Chr5:50459127 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B107

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811847.1
832 aa
N
1
416
832
Peptidase_C48
C
PF02902 Peptidase_C48 679-821 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811847.1 Pfam PF02902 Peptidase_C48 Domain 679 821 2.2e-06 28.4 Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955864.1
TATTTTTAAATATTTTACTGAATTTAATATGTTTTTATTTTGTAAATGAATAGGCGAATGTCCCATATCTTCGTCGCGACACTATAGACCAGACGGAGGTTGCTATCAGCACCTACTATAGGGATTCACATTTTCCGGAGCTGGTTCAAACTTTAAATGTGGTCGGCGAACAGTGCAATTCAGATTTATTGGGAAGATTTAGAGCATCATGTTTTGGGCATTTCACTGATTGGAGGCCCGGCGCGAAGAGCAATAAAGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026091
ATGACCATACAGTCGCTCATCAAACGCGTGTGCGATTTGGATCGTCGAGTGGATGATGAGGATGGGAGCCTGTACCTTCGTGCTGTCCTCGTGTGTGTGGCTCACACCCTTGTTCTTGGGTTGGATGCGCGGGTACAGCCGTGGCTTTGGGTTTTGGTGGATGATCTGGCTGCGTTTGATAGATTCCCCTGGGGCGCGTATTCGTATAAGATGTTATGCCATTATACGACAGATGTAGGAACCGGCGAGAAATATCACTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811847.1
MTIQSLIKRVCDLDRRVDDEDGSLYLRAVLVCVAHTLVLGLDARVQPWLWVLVDDLAAFDRFPWGAYSYKMLCHYTTDVGTGEKYHFYGPSWALYVWALERVPGFGHMVAASSGDPTAHPRCLRWTFRGKPKLHGLRDLFEGQGGVMPLEPDADDLESHYFISALTPGELSVSFSPPDNPLARGVQFPQGTGARVVEERGDEEDVPRQPRTTRSHSVRGPVRDARQHEPARHSVETGSRPVRDARPHEPARHSVDPGKRP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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