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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003759

染色体: Chr05 坐标: 50792344-50817962 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003759
名称SmilChr05G003759
描述uncharacterized SmilChr05G003759
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向50792344 - 50817962 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026093
GeneID131026093
locus_tag-
NCBI NameLOC131026093
原始查询LOC131026093

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026093

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057811850.1
2 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057811850.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811850.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811850.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811850.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:50792371 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr5:50792381 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 32 A20,A3,B104,B117,B134,B16,B21,B24,B27,B5,B51,B58,B59,B66,B74,B78,B97,C17,C2,C20,C22,C27,C42,C45,C46,C51,C56,C63,C69,C81,C85,D10
Chr5:50792400 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,A3,B51
Chr5:50792406 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B123
Chr5:50792441 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B68,C18,D4
Chr5:50792456 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C79,C82
Chr5:50792467 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 30 A20,A3,B104,B125,B16,B21,B24,B25,B27,B3,B5,B51,B58,B66,B93,B97,C10,C17,C2,C22,C27,C39,C41,C42,C45,C51,C63,C69,C81,C85
Chr5:50792474 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C56,C6,C71
Chr5:50792480 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B121
Chr5:50792482 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C56,C6,C71
Chr5:50792496 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B2,B37
Chr5:50792496 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B2,B37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955867.1
ATGGAGGCGACGCATGATATGTACCGGAAGATAGACCTCAGCCCGCTCAATGATGGTGGCGACTACCACGTCTCTCTCGACGACATATTTGAGAATGACATTACGGGGGACAATGTAAGCCAAACCCGCAATCAAGAAGAAAGCATACCAGTTGAAACGGAGGCTCCAACATCAAGCAAGAAAAGACGTCGTAGTGGAGGTTTCGATGACAAGTTTTTCGAGGCATTGCATGAGGTTGGGCGGGGCTCGGAAGCAAGACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026093
ATGGAGGCGACGCATGATATGTACCGGAAGATAGACCTCAGCCCGCTCAATGATGGTGGCGACTACCACGTCTCTCTCGACGACATATTTGAGAATGACATTACGGGGGACAATGTAAGCCAAACCCGCAATCAAGAAGAAAGCATACCAGTTGAAACGGAGGCTCCAACATCAAGCAAGAAAAGACGTCGTAGTGGAGGTTTCGATGACAAGTTTTTCGAGGCATTGCATGAGGTTGGGCGGGGCTCGGAAGCAAGACT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811850.1
MEATHDMYRKIDLSPLNDGGDYHVSLDDIFENDITGDNVSQTRNQEESIPVETEAPTSSKKRRRSGGFDDKFFEALHEVGRGSEARLETISCRMGYDFDVSKARKEVNAKLSGIPSLSQNDKFVGGRSCWGGRGVEKLLGRQGVEEQDEEAVGAAGGGGAGQRNYLGGGGWRSGGPASPRRHRCRRRRMNGDGGGGGGGRRRRKRTGTRRE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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