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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003921

染色体: Chr05 坐标: 52968814-52969839 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003921
名称SmilChr05G003921
描述uncharacterized SmilChr05G003921
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向52968814 - 52969839 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026109
GeneID131026109
locus_tag-
NCBI NameLOC131026109
原始查询LOC131026109

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0587600; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os03g0587600; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis-
-
RiceOs03g0587600
-
identity=45.8; qcov=0.141; evalue=2.5e-06; confidence=weak
GOGO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026109

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057811862.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057811862.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811862.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811862.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811862.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:52968834 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 4 B106,B8,C58,D6
Chr5:52968834 TG T 1bp_deletion CDS_variant 4 B106,B8,C58,D6
Chr5:52968848 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B23,C35
Chr5:52968864 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B1,B126,B71,C2
Chr5:52968864 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B126,B71,C2
Chr5:52968877 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C14
Chr5:52968877 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 C14
Chr5:52968901 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C3,C46
Chr5:52968933 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,B102,B93,C56,D8
Chr5:52968961 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B110,B65
Chr5:52968966 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 2 B79,B85
Chr5:52968966 CT C 1bp_deletion CDS_variant 2 B79,B85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955879.1
ATGGCAAACATAGCCAAACTTGAGTTCATCGCCCTTGACATCTCGGGCAAGAATTACATGTCATGGACTCTTGATGCTGATATTCACCTGATCTCAAGGGGTCTAGGAGAAACTATCAAAGAAGGAAACAAAGCGTCCGACCAGGATCGCGCTAAGGCACTAATATTCCTTCGTCATCACCTTCATGATGACCTTAAGACAGAGTATCTGACTGTCAAAGATCCACAAGAATTGTGGACGAACCTCAAAGAAAGGTTTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026109
ATGGCAAACATAGCCAAACTTGAGTTCATCGCCCTTGACATCTCGGGCAAGAATTACATGTCATGGACTCTTGATGCTGATATTCACCTGATCTCAAGGGGTCTAGGAGAAACTATCAAAGAAGGAAACAAAGCGTCCGACCAGGATCGCGCTAAGGCACTAATATTCCTTCGTCATCACCTTCATGATGACCTTAAGACAGAGTATCTGACTGTCAAAGATCCACAAGAATTGTGGACGAACCTCAAAGAAAGGTTTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811862.1
MANIAKLEFIALDISGKNYMSWTLDADIHLISRGLGETIKEGNKASDQDRAKALIFLRHHLHDDLKTEYLTVKDPQELWTNLKERFDHQNTVVLPKARYEWMHLRLQDFKSVSAYNSELFRIVSKLKLCGEKISDADMLEKTFSTFHASNVLLQQQYRERGFKKYSELISCLLVAEQNNELLLKNHELRSTGSAALPEANATFNHDNGRGRGNQRGRGRGRGRGRGYGRGHGRGKPHDATSSNKKHKASNEHNSYKKEGE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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