当前解析结果
SmilChr05G003945| 统一新 Gene ID | SmilChr05G003945 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G003945 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr05G003945 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 53222243 - 53223402 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131026113 |
|---|---|
| GeneID | 131026113 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131026113 |
| 原始查询 | LOC131026113 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01107 (MP) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131026113 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057811865.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057811865.1 |
| 3 | Autophagic vesicle | Autophagic vesicle | 0.20000 | XP_057811865.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057811865.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057811865.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:53222264 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | C12,C14 |
Chr5:53222264 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C12,C14 |
Chr5:53222278 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B16,B63,B86,C29 |
Chr5:53222306 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | C73 |
Chr5:53222306 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C73 |
Chr5:53222339 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 43 | A1,A11,A3,A9,B110,B111,B120,B127,B131,B137,B18,B21,B23,B26,B28,B30,B35,B45,B61,B64,B81,B88,B9,B98,C18,C2,C25,C40,C48,C54,C56,C61,C64,C65,C66,C68,C73,C80,C81,C87,C9,D4,D8 |
Chr5:53222342 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | C76 |
Chr5:53222342 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C76 |
Chr5:53222374 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C76 |
Chr5:53222401 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A14,B46,B78 |
Chr5:53222418 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B115,C86 |
Chr5:53222423 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B65,D6 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057811865.1PF01107
MP 72-177 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057811865.1 |
Pfam | PF01107 |
MP | Family | 72 | 177 | 1.4e-16 | 61.4 | Viral movement protein (MP) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。