当前解析结果
SmilChr05G004065| 统一新 Gene ID | SmilChr05G004065 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G004065 |
| 描述 | protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 54579838 - 54582627 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131026132 |
|---|---|
| GeneID | 131026132 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131026132 |
| 原始查询 | LOC131026132 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like |
| 产物 | protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like |
| Arabidopsis | AT4G38180 (FRS5)FAR1-related sequence 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829974] identity=28.6; qcov=0.781; evalue=1.53e-71; confidence=low |
| Rice | Os11g0681300- identity=27.2; qcov=0.761; evalue=3.82e-67; confidence=low |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0004803 (transposase activity); GO:0006313 (DNA transposition); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0008270 (zinc ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03101 (FAR1); PF10551 (MULE) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131026132 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057811884.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057811884.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057811884.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057811884.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057811884.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:54580331 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B13,C58 |
Chr5:54580342 |
TA |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 22 | B102,B108,B109,B112,B131,B14,B140,B20,B25,B37,B40,B53,B69,B82,B86,B88,B95,B97,C10,C40,C45,C82 |
Chr5:54580354 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B130,C52 |
Chr5:54580383 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C52 |
Chr5:54580396 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B48,C25,C62 |
Chr5:54580426 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B130 |
Chr5:54580431 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B65 |
Chr5:54580437 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B65,C47 |
Chr5:54580437 |
G |
GA |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | B65,C47 |
Chr5:54580512 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A8,B19,B72,C32,C68 |
Chr5:54580538 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B130,C52 |
Chr5:54580554 |
T |
TA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 108 | A11,A14,A18,A19,A2,A25,A3,A4,A7,A8,B1,B10,B100,B101,B102,B109,B112,B114,B118,B120,B121,B122,B125,B13,B132,B136,B138,B14,B18,B19,B2,B20,B25,B27,B28,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B45,B46,B47,B5,B50,B54,B59,B61,B62,B66,B68,B72,B74,B76,B80,B81,B84,B90,B91,B94,B97,B98,C1,C11,C12,C13,C15,C16,C19,C22,C23,C24,C26,C28,C29,C30,C32,C33,C37,C40,C45,C49,C5,C50,C51,C58,C59,C61,C63,C66,C68,C69,C70,C73,C74,C78,C80,C82,C83,C84,C9,D10,D11,D3,D7 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057811884.1PF03101
FAR1 47-140 aa
PF10551
MULE 264-341 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057811884.1 |
Pfam | PF03101 |
FAR1 | Domain | 47 | 140 | 5.9e-13 | 50.1 | FAR1 DNA-binding domain |
XP_057811884.1 |
Pfam | PF10551 |
MULE | Domain | 264 | 341 | 1.1e-16 | 61.6 | MULE transposase domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。