Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G004082`

染色体: Chr05 坐标: 54678186-54678827 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G004082`
名称	SmilChr05G004082
描述	uncharacterized SmilChr05G004082
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	54678186 - 54678827 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131026133`
GeneID	`131026133`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131026133`
原始查询	`LOC131026133`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	B3 domain protein (DUF313) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837102]; symbol=AT1G05920; hit=AT1G05920; species=arabidopsis; confidence=low
产物	B3 domain protein (DUF313) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837102]; symbol=AT1G05920; hit=AT1G05920; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G05920` (AT1G05920) B3 domain protein (DUF313) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837102] identity=28.5; qcov=0.707; evalue=5.1e-08; confidence=low
Rice	`-` -
GO	GO:0003677 (DNA binding)
KEGG	-
Pfam	PF03754 (At2g31720-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131026133

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057811885.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811885.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811885.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057811885.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057811885.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:54678194`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	52	A19,A2,A7,B110,B113,B117,B125,B126,B127,B135,B138,B139,B20,B23,B24,B29,B30,B38,B39,B49,B51,B59,B69,B79,B8,B82,B83,B84,B9,B91,B93,B98,C11,C16,C20,C26,C30,C39,C42,C58,C59,C60,C61,C69,C76,C8,C80,C85,C86,D1,D4,D9
`Chr5:54678198`	`A`	`AAG`	2bp_insertion	frameshift_variant	139	A13,A14,A18,A19,A2,A21,A23,A25,A5,A7,A8,B1,B103,B104,B105,B107,B108,B110,B111,B112,B113,B115,B117,B12,B122,B123,B124,B125,B126,B127,B131,B133,B134,B135,B137,B138,B139,B18,B2,B20,B21,B23,B24,B26,B28,B29,B30,B32,B35,B36,B37,B38,B39,B40,B42,B43,B44,B49,B51,B52,B53,B54,B57,B58,B59,B61,B62,B64,B66,B67,B69,B72,B77,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B98,C11,C12,C14,C15,C16,C17,C18,C20,C21,C25,C26,C28,C30,C33,C35,C36,C39,C4,C42,C46,C51,C53,C57,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C65,C69,C71,C72,C74,C76,C78,C8,C80,C85,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D3,D4,D5,D8,D9
`Chr5:54678232`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	14	A20,B136,B54,B59,B6,B60,B65,B77,C16,C39,C43,C64,C66,C67
`Chr5:54678252`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	5	A2,B39,B69,C58,D4
`Chr5:54678252`	`T`	`TG`	1bp_insertion	CDS_variant	5	A2,B39,B69,C58,D4
`Chr5:54678256`	`CGG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B69
`Chr5:54678256`	`CGG`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B69
`Chr5:54678456`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C60
`Chr5:54678468`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B15,B44,B80
`Chr5:54678510`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B4,B58,B7
`Chr5:54678579`	`GCT`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	16	A1,B135,B15,B22,B26,B48,B5,B72,B85,B93,B95,C3,C31,C36,C63,C83
`Chr5:54678665`	`CGT`	`*`	2bp_deletion	CDS_variant	4	A2,B107,B19,C44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811885.1

184 aa

184

At2g31720-like

PF03754 At2g31720-like 71-175 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811885.1`	Pfam	`PF03754`	At2g31720-like	Domain	71	175	1.3e-14	54.9	B3 domain-containing protein At2g31720-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955902.1
TCATCGCCGGATTCCGACCAATCCCCGCCGCCGCCGCCGGATGAGGACGAGAAACTCCTGCGATCAGCGGAGTCGTGGCTGCTCTGCATGTGCCAAAACGGCCGCGCATCGTGGGACTCCGACCCCGAAAGAGTCGCCCGTTTCTTACAGGAGTTCGGAAACGACAAGCTCGGCCTCAACATTCCGATCGACGTCGACGAAATCAAGGGCCGCCTTCTCGTCATGGACGACGAGATAAAGAGACAGAGCAAATCACTCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131026133
ATGTGCCAAAACGGCCGCGCATCGTGGGACTCCGACCCCGAAAGAGTCGCCCGTTTCTTACAGGAGTTCGGAAACGACAAGCTCGGCCTCAACATTCCGATCGACGTCGACGAAATCAAGGGCCGCCTTCTCGTCATGGACGACGAGATAAAGAGACAGAGCAAATCACTCTCCTCCTCCGATGGCGGCGGCCGGCCGGCGGCGGCGGCGGGGAGGCGGCTGTTCATAAGGAGGCAGCTGCAGAAGACGGACGTGGACGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811885.1
MCQNGRASWDSDPERVARFLQEFGNDKLGLNIPIDVDEIKGRLLVMDDEIKRQSKSLSSSDGGGRPAAAAGRRLFIRRQLQKTDVDEKQGRLSMPCSQVDEGVLTAEEAAGLRAGMKMAAKMVDGEGREYDVNVRWTRIGVKSSNYAIRKPWNEIKKDNGFREGMLVEVWGVRSERGDLSLSIS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器