当前解析结果
SmilChr05G004182| 统一新 Gene ID | SmilChr05G004182 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G004182 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr05G004182 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 55728096 - 55730345 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131026150 |
|---|---|
| GeneID | 131026150 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131026150 |
| 原始查询 | LOC131026150 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT4G29090 (AT4G29090)Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829030] identity=31.1; qcov=0.452; evalue=5.34e-38; confidence=low |
| Rice | Os06g0484800- identity=29.4; qcov=0.494; evalue=5.89e-41; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00078 (RVT_1); PF13456 (RVT_3); PF13966 (zf-RVT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131026150 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057811902.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057811902.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057811902.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057811902.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057811902.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:55728119 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 70 | A1,A13,A18,A22,A23,A7,A9,B100,B112,B113,B120,B123,B125,B130,B132,B135,B15,B16,B19,B25,B31,B35,B41,B5,B53,B54,B58,B59,B6,B65,B69,B70,B72,B73,B76,B85,B87,B88,B91,C10,C11,C17,C18,C22,C27,C31,C35,C36,C39,C41,C49,C5,C50,C54,C56,C64,C65,C66,C67,C69,C7,C70,C71,C74,C76,C80,C82,C85,D11,D7 |
Chr5:55728145 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A22,B76,C49 |
Chr5:55728200 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A18,C82,C85 |
Chr5:55728224 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B87 |
Chr5:55728242 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B35,B65,D11 |
Chr5:55728260 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr5:55728314 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B104,B41,B44 |
Chr5:55728318 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B10,B66,B8 |
Chr5:55728348 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B87 |
Chr5:55728405 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 6 | A22,B35,B65,B76,C49,D11 |
Chr5:55728408 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B104,B41,B44 |
Chr5:55728420 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B3,D2 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057811902.1PF00078
RVT_1 12-124 aa
PF13966
zf-RVT 422-467 aa
PF13456
RVT_3 501-622 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057811902.1 |
Pfam | PF00078 |
RVT_1 | Domain | 12 | 124 | 2.4e-08 | 34.8 | Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) |
XP_057811902.1 |
Pfam | PF13966 |
zf-RVT | Domain | 422 | 467 | 6e-08 | 34.0 | zinc-binding in reverse transcriptase |
XP_057811902.1 |
Pfam | PF13456 |
RVT_3 | Domain | 501 | 622 | 2.9e-17 | 63.4 | Reverse transcriptase-like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。