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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G004330

染色体: Chr05 坐标: 56985591-56986052 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G004330
名称SmilChr05G004330
描述salutaridinol 7-O-acetyltransferase-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向56985591 - 56986052 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026174
GeneID131026174
locus_tag-
NCBI NameLOC131026174
原始查询LOC131026174

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述salutaridinol 7-O-acetyltransferase-like
产物salutaridinol 7-O-acetyltransferase-like
ArabidopsisAT1G24430 (AT1G24430)
HXXXD-type acyl-transferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839059]
identity=39.1; qcov=0.987; evalue=3.3e-29; confidence=medium
RiceOs04g0500700 (OsHCT1)
hydroxycinnamoyltransferase 1-like [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:4336306]
identity=29.4; qcov=1; evalue=5.78e-13; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF02458 (Transferase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026174

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057811928.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057811928.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057811928.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057811928.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811928.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:56985605 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr5:56985636 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B98,C15
Chr5:56985655 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B66,B93,C10,C15,C46
Chr5:56985673 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 101 A1,A13,A14,A2,A20,A23,A25,A3,A5,A9,B1,B10,B103,B105,B110,B112,B118,B119,B125,B127,B128,B13,B131,B133,B135,B138,B139,B14,B18,B2,B23,B24,B26,B28,B3,B31,B32,B33,B38,B45,B46,B48,B49,B5,B51,B52,B56,B58,B59,B60,B7,B74,B79,B80,B84,B85,B86,B87,B89,B91,B92,B93,B96,B99,C1,C10,C11,C15,C16,C19,C2,C20,C23,C24,C33,C34,C38,C39,C4,C47,C53,C55,C6,C60,C61,C62,C64,C65,C66,C67,C70,C75,C78,C81,C84,C9,D11,D2,D6,D7,D9
Chr5:56985675 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 104 A1,A13,A14,A2,A20,A23,A25,A3,A5,A9,B1,B10,B102,B103,B105,B110,B112,B118,B119,B125,B127,B128,B13,B131,B133,B135,B136,B138,B139,B14,B18,B2,B23,B24,B26,B28,B3,B31,B32,B33,B38,B45,B46,B48,B49,B5,B51,B52,B56,B58,B59,B60,B7,B74,B79,B80,B84,B85,B86,B87,B89,B91,B92,B93,B96,B99,C1,C10,C11,C15,C16,C19,C2,C20,C23,C24,C33,C34,C38,C39,C4,C46,C47,C53,C55,C6,C60,C61,C62,C64,C65,C66,C67,C70,C75,C78,C81,C84,C9,D11,D2,D6,D7,D9
Chr5:56985719 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A6,C2,C73,C8
Chr5:56985739 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 11 A10,B10,B138,B2,B3,B56,B70,B80,B96,C25,D1
Chr5:56985743 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 5 A6,B10,C2,C73,D6
Chr5:56985743 G GT 1bp_insertion CDS_variant 5 A6,B10,C2,C73,D6
Chr5:56985759 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 3 B125,B139,B31
Chr5:56985759 GT G 1bp_deletion CDS_variant 3 B125,B139,B31
Chr5:56985761 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,B131,B93,C15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811928.1
153 aa
N
1
76
153
Transferase
C
PF02458 Transferase 5-146 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811928.1 Pfam PF02458 Transferase Family 5 146 1.1e-22 81.0 Transferase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955945.1
ATGGTGTTTAATTCGGTAAACCTACGGACCCGGGCTGACCCGCCGCTGTCCGAATACCACTTTGGTAACTTGATTGGGGCTTCAGTGACGGAGGTGGCGGCCGGGGACGACGGCGTCGAGTTCCTGCGGAAGGTGAGGGAAGCGACAAAGGCGTTAAGCGCCGACTATGTGGCTAGGCGGAAGGAGAGAGAGATGCAGTTGAAAGAGGTTATAAGGGCTCAGGCTCTAGCCAATGAAGTGGAGGTTAGACTCGTCTTTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026174
ATGGTGTTTAATTCGGTAAACCTACGGACCCGGGCTGACCCGCCGCTGTCCGAATACCACTTTGGTAACTTGATTGGGGCTTCAGTGACGGAGGTGGCGGCCGGGGACGACGGCGTCGAGTTCCTGCGGAAGGTGAGGGAAGCGACAAAGGCGTTAAGCGCCGACTATGTGGCTAGGCGGAAGGAGAGAGAGATGCAGTTGAAAGAGGTTATAAGGGCTCAGGCTCTAGCCAATGAAGTGGAGGTTAGACTCGTCTTTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811928.1
MVFNSVNLRTRADPPLSEYHFGNLIGASVTEVAAGDDGVEFLRKVREATKALSADYVARRKEREMQLKEVIRAQALANEVEVRLVFSSTCRFPVYEADFGWGRPVWVGYGGSPYKNVVYFMDRKSGGGIDALIQLSKQDMEKFEAHLMLKSNL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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