Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002434`

染色体: Chr05 坐标: 26826055-26831192 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002434`
名称	SmilChr05G002434
描述	ycf3-interacting protein 1, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	26826055 - 26831192 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131026209`
GeneID	`131026209`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131026209`
原始查询	`LOC131026209`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ycf3-interacting protein 1, chloroplastic
产物	ycf3-interacting protein 1%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT5G44650` (CEST) death domain associated protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834494] identity=67.4; qcov=0.672; evalue=2.38e-85; confidence=high
Rice	`Os01g0798500` (P0691E06.11-2) - identity=65.7; qcov=0.781; evalue=1.42e-81; confidence=high
GO	GO:0009535 (chloroplast thylakoid membrane); GO:0048564 (photosystem I assembly); GO:0080183 (response to photooxidative stress)
KEGG	-
Pfam	PF28637 (Y3IP1_CEST_C); PF30988 (Y3IP1_CEST_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131026209

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057811972.1`
2	Chloroplast thylakoid	类囊体	1.00000	`XP_057811973.1`
3	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.80000	`XP_057811972.1`
4	Chloroplast thylakoid membrane	类囊体膜	0.60000	`XP_057811973.1`
5	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.20000	`XP_057811973.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:26826190`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A23
`Chr5:26826213`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B21
`Chr5:26826243`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B21
`Chr5:26830144`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr5:26830285`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	134	A10,A13,A16,A18,A19,A20,A24,A25,A4,A6,A8,B100,B101,B104,B105,B107,B109,B11,B114,B117,B118,B119,B120,B124,B125,B126,B128,B133,B135,B138,B14,B140,B15,B19,B23,B24,B25,B27,B29,B3,B30,B35,B38,B39,B4,B42,B43,B49,B5,B50,B51,B52,B54,B55,B56,B57,B58,B6,B60,B61,B62,B63,B66,B67,B70,B73,B74,B76,B79,B8,B80,B81,B83,B84,B85,B87,B88,B90,B91,B92,B93,B95,B96,B97,B99,C10,C13,C15,C18,C19,C2,C20,C23,C25,C26,C27,C29,C30,C34,C37,C40,C41,C43,C44,C45,C46,C47,C49,C5,C52,C54,C55,C59,C60,C63,C64,C66,C7,C70,C71,C72,C77,C8,C81,C82,C83,C85,C87,C9,D1,D2,D5,D8,D9
`Chr5:26830286`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	4	B18,C3,C53,D10
`Chr5:26830286`	`A`	`AC`	1bp_insertion	CDS_variant	4	B18,C3,C53,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811972.1

267 aa

134

267

Y3IP1_CEST_N

PF30988 Y3IP1_CEST_N 89-174 aa

XP_057811973.1

265 aa

132

265

Y3IP1_CEST_N

Y3IP1_CEST_C

PF30988 Y3IP1_CEST_N 89-174 aa PF28637 Y3IP1_CEST_C 240-265 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811972.1`	Pfam	`PF30988`	Y3IP1_CEST_N	Domain	89	174	1.4e-45	154.1	Y3IP1/CEST N-terminal domain
`XP_057811973.1`	Pfam	`PF30988`	Y3IP1_CEST_N	Domain	89	174	1.4e-45	154.1	Y3IP1/CEST N-terminal domain
`XP_057811973.1`	Pfam	`PF28637`	Y3IP1_CEST_C	Domain	240	265	8.3e-14	51.9	Y3IP1/CEST C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955989.1
ATGATTGTGAATACCACTGCGACGATGAACATAGTATCCGCCTCCGGCGTCTTACAGTCGGCGCCGCTGGTGGTCTCGTCATTGCTATACCACCACCCGCGCCCCTTCCCACTCTGGACTACCAAAATAGGAAATGGCCGTAGTATCTCAGGTGCAGCGGTGTTGGTTAAAACTAACAGGCAAGACTCCGACTCCGCCTCCACCTCCACCTCCGCCTCCGCCTCCACTGCCGCCGCCCAACAACAACAGCAAACCGATGA...

XM_057955990.1
ATGATTGTGAATACCACTGCGACGATGAACATAGTATCCGCCTCCGGCGTCTTACAGTCGGCGCCGCTGGTGGTCTCGTCATTGCTATACCACCACCCGCGCCCCTTCCCACTCTGGACTACCAAAATAGGAAATGGCCGTAGTATCTCAGGTGCAGCGGTGTTGGTTAAAACTAACAGGCAAGACTCCGACTCCGCCTCCACCTCCACCTCCGCCTCCGCCTCCACTGCCGCCGCCCAACAACAACAGCAAACCGATGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131026209
ATGATTGTGAATACCACTGCGACGATGAACATAGTATCCGCCTCCGGCGTCTTACAGTCGGCGCCGCTGGTGGTCTCGTCATTGCTATACCACCACCCGCGCCCCTTCCCACTCTGGACTACCAAAATAGGAAATGGCCGTAGTATCTCAGGTGCAGCGGTGTTGGTTAAAACTAACAGGCAAGACTCCGACTCCGCCTCCACCTCCACCTCCGCCTCCGCCTCCACTGCCGCCGCCCAACAACAACAGCAAACCGATGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057811972.1
MIVNTTATMNIVSASGVLQSAPLVVSSLLYHHPRPFPLWTTKIGNGRSISGAAVLVKTNRQDSDSASTSTSASASTAAAQQQQQTDDVDPQDLQYVSQIKTVLELLKKNRDMLFNEVKLTVLIEDPRDVERRRLLGIDDENAPTRDDLADALVQVNEGKIPENRLALQMLAEEMLQWPNLEVEVQKKKKPGKSLYAKFTDTGINPLEAAKRLNMDWDSAAEIDDAEIDDVEVPSAVVSFLLLYILKSQFLPIKLDTIKRY...

XP_057811973.1
MIVNTTATMNIVSASGVLQSAPLVVSSLLYHHPRPFPLWTTKIGNGRSISGAAVLVKTNRQDSDSASTSTSASASTAAAQQQQQTDDVDPQDLQYVSQIKTVLELLKKNRDMLFNEVKLTVLIEDPRDVERRRLLGIDDENAPTRDDLADALVQVNEGKIPENRLALQMLAEEMLQWPNLEVEVQKKKKPGKSLYAKFTDTGINPLEAAKRLNMDWDSAAEIDDAEIDDVEVPSAVGYGALYLITAFPVIIGISVVLILF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器