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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002443

染色体: Chr05 坐标: 26911650-26916092 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002443
名称SmilChr05G002443
描述LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase GSO1
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向26911650 - 26916092 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026213
GeneID131026213
locus_tag-
NCBI NameLOC131026213
原始查询LOC131026213

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase GSO1
产物LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase GSO1
ArabidopsisAT4G20140 (GSO1)
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827760]
identity=61.9; qcov=0.985; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0498400
-
identity=53.2; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0033612 (receptor serine/threonine kinase binding)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF12799 (LRR_4); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026213

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057811976.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057811976.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811976.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811976.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811976.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:26912240 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B38,B39,B79,D7
Chr5:26912303 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:26912570 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr5:26912690 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B38,B39,B79,D7
Chr5:26912735 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B38,B39,B79,D7
Chr5:26912762 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B12,B140,B75,B91,C28
Chr5:26912783 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C16
Chr5:26912804 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B108,B37,C8,C82
Chr5:26912854 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 2 B53,D10
Chr5:26912854 TG T 1bp_deletion CDS_variant 2 B53,D10
Chr5:26912909 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27
Chr5:26913046 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811976.1
1244 aa
N
1
622
1244
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_4
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 30-65 aa PF00560 LRR_1 92-114 aa PF00560 LRR_1 116-138 aa PF00560 LRR_1 140-162 aa PF00560 LRR_1 188-210 aa PF00560 LRR_1 236-258 aa PF12799 LRR_4 236-271 aa PF13855 LRR_8 257-295 aa PF00560 LRR_1 260-282 aa PF00560 LRR_1 284-306 aa PF00560 LRR_1 309-329 aa PF00560 LRR_1 357-378 aa PF00560 LRR_1 429-451 aa PF00560 LRR_1 453-475 aa PF00560 LRR_1 477-499 aa PF13855 LRR_8 500-560 aa PF00560 LRR_1 501-523 aa PF13855 LRR_8 595-655 aa PF00560 LRR_1 644-666 aa PF00560 LRR_1 717-738 aa PF13855 LRR_8 740-800 aa PF00560 LRR_1 741-762 aa PF00560 LRR_1 769-787 aa PF00560 LRR_1 789-810 aa PF00069 Pkinase 947-1220 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 947-1220 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811976.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 30 65 4.6e-05 24.3 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057811976.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 92 114 2.2e-77 238.8 Leucine Rich Repeat
XP_057811976.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 116 138 2.2e-77 238.8 Leucine Rich Repeat
XP_057811976.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 140 162 2.2e-77 238.8 Leucine Rich Repeat
XP_057811976.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 188 210 2.2e-77 238.8 Leucine Rich Repeat
XP_057811976.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 236 258 2.2e-77 238.8 Leucine Rich Repeat
XP_057811976.1 Pfam PF12799 LRR_4 Repeat 236 271 1.6e-61 203.6 Leucine Rich repeats (2 copies)
XP_057811976.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 257 295 4.4e-59 196.8 Leucine rich repeat
XP_057811976.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 260 282 2.2e-77 238.8 Leucine Rich Repeat
XP_057811976.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 284 306 2.2e-77 238.8 Leucine Rich Repeat
XP_057811976.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 309 329 2.2e-77 238.8 Leucine Rich Repeat
XP_057811976.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 357 378 2.2e-77 238.8 Leucine Rich Repeat
XP_057811976.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 429 451 2.2e-77 238.8 Leucine Rich Repeat
XP_057811976.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 453 475 2.2e-77 238.8 Leucine Rich Repeat
XP_057811976.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 477 499 2.2e-77 238.8 Leucine Rich Repeat
XP_057811976.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 500 560 4.4e-59 196.8 Leucine rich repeat
XP_057811976.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 501 523 2.2e-77 238.8 Leucine Rich Repeat
XP_057811976.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 595 655 4.4e-59 196.8 Leucine rich repeat
XP_057811976.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 644 666 2.2e-77 238.8 Leucine Rich Repeat
XP_057811976.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 717 738 2.2e-77 238.8 Leucine Rich Repeat
XP_057811976.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 740 800 4.4e-59 196.8 Leucine rich repeat
XP_057811976.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 741 762 2.2e-77 238.8 Leucine Rich Repeat
XP_057811976.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 769 787 2.2e-77 238.8 Leucine Rich Repeat
XP_057811976.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 789 810 2.2e-77 238.8 Leucine Rich Repeat
XP_057811976.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 947 1220 2.3e-44 152.5 Protein kinase domain
XP_057811976.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 947 1220 1.1e-40 140.3 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955993.1
GAAGATGAATTTAACTTTAATTTTTCCCCCAAAAAATATGCCACTTTCCATTATTGTTCAAATAATAAATTATTCTTTAAATAAGAAAGTTCCAGCTCTCTCTACCCAAACCATCTGCAACTCTCCAAAAGTCCATTTTTAGTCTTGAGAGTTTCTGCAAATCACAATCTGTCAACCATCTTACAGCAAAATTTAATTCATTGAGTAGCGTAACTTCTGCAGATAGCCAATACCCTGATACTTAGTTGGCGGGGGCTGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026213
ATGTCTGCGACTACTACGATGGCAGCGCTGATGCTCGTTGTTGTGCTGCTGATTCTGCGTTTGGGGTCATGCCATTGCCACAACACCACCGACCTCCATATTCTCTTGGAGGCTCGAAAATCTTTCCTCCACGACCCACTAGACTGGTCCATCCACAACCCCGATTTCTGTGCATGGCGAGGCGTTTCCTGCTCCGGCGGCTCTGTGGTGGCTCTCGATCTCGCTGATTCTTCTCTGCGGGGGTCCATCCCACCGCCTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811976.1
MSATTTMAALMLVVVLLILRLGSCHCHNTTDLHILLEARKSFLHDPLDWSIHNPDFCAWRGVSCSGGSVVALDLADSSLRGSIPPPLALLPNLLHLNLSSNHLSGPIPPALSNLSSLESLLLFSNQLSGPIPPQLGSLLNLRLLRIGDNDLTGSIPPQLANLQNLVSLGLASCSLTGPIPPQLGLLPNLQTLVLQQNQLEGPIPPQLANCSSLVVFTAALNRLNGSIPEELASLANLQLLNLANNTLSGEIPAGLGSLPN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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