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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002450`

染色体: Chr05 坐标: 27040989-27044665 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002450`
名称	SmilChr05G002450
描述	probable splicing factor 3A subunit 1
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	27040989 - 27044665 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131026222`
GeneID	`131026222`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131026222`
原始查询	`LOC131026222`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable splicing factor 3A subunit 1
产物	probable splicing factor 3A subunit 1
Arabidopsis	`AT1G14650` (AT1G14650) SWAP (Suppressor-of-White-APricot)/surp domain-containing protein / ubiquitin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838027] identity=68.4; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0245000` - identity=66.3; qcov=0.683; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000381 (regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome); GO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0005686 (U2 snRNP); GO:0045292 (mRNA cis splicing, via spliceosome); GO:0071004 (U2-type prespliceosome); GO:0071013 (catalytic step 2 spliceosome)
KEGG	smil03040 (Spliceosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00240 (ubiquitin); PF01805 (Surp); PF12230 (PRP21_like_P)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131026222

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057811987.1`
2	Nucleoplasm	核质	1.00000	`XP_057811987.1`
3	Nuclear speckle	核斑点	0.40000	`XP_057811987.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811987.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811987.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:27041494`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr5:27041765`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B59,B89
`Chr5:27041771`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B59,B89
`Chr5:27042159`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A11,A3,C22,C73
`Chr5:27042704`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr5:27042779`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr5:27043109`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr5:27043187`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C11,C69
`Chr5:27043420`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B117,B46
`Chr5:27043443`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C85
`Chr5:27043443`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C85
`Chr5:27043501`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811987.1

813 aa

406

813

Surp

PRP21_like_P

ubiquitin

PF01805 Surp 68-128 aa PF01805 Surp 189-253 aa PF12230 PRP21_like_P 265-480 aa PF00240 ubiquitin 742-807 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811987.1`	Pfam	`PF01805`	Surp	Domain	68	128	6.8e-49	164.1	Surp module
`XP_057811987.1`	Pfam	`PF01805`	Surp	Domain	189	253	6.8e-49	164.1	Surp module
`XP_057811987.1`	Pfam	`PF12230`	PRP21_like_P	Family	265	480	1.1e-55	189.5	Pre-mRNA splicing factor PRP21 like protein
`XP_057811987.1`	Pfam	`PF00240`	ubiquitin	Domain	742	807	3.1e-08	34.0	Ubiquitin family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057956004.1
AATAATACTCCGTATGTAGAATAGAGATCGGCGTTGAATTGAAATAAGCAATTGCGAGTTGCGAGCAATAAGTAGAACGGTATCCTCTCGATTATATATAGTACATGCGTTTTATTTTGGCCCCATTTTCTTTCCACGGCGGCGCCAGTCGGGTGTTTTTGATTTTCTTCCGCCATTAAACCTTCCCCTTTTTACCTCATATCTCAAAACCTAATTGCATCATCGCTCTACTTTACCGCCAACACTTCTCCTTCTCCTAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131026222
ATGTTGGGTTCATTGCCAATATTGCCCCTACCGGCACCACCTGAAGACGGTGATCTTGGTCCATTACCCGCTGCTCAAGTGACTGAGGAATCTGATGATGAGAGAAATTTGGAGAATGAAGACCAGAAGATGGCCATTGATAAACCCAGCTCAGCTCCACCATCAGTAGCAACACACACGAGGTCCATAGGAGTTATACACCCACCTATAGACATTAGAACTATCGTAGACAAAACTGCTCAATTTGTGGCAAAAAATGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811987.1
MLGSLPILPLPAPPEDGDLGPLPAAQVTEESDDERNLENEDQKMAIDKPSSAPPSVATHTRSIGVIHPPIDIRTIVDKTAQFVAKNGPEFEKRIIANNEGNAKFNFLRASDPYHAYYQHRLAESRAQNLSSATQPPQSEPAPESVSSAPAADASDASAKPDHSAQFRPVRKVLEPPEAEQYTVRLPEGITGEELDIIKLTAQFVARNGKSFLTGLTSRESTNPQFHFLRPTHSMFMFFTSLADAYSKVLMPPKGLSDKLK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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