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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002483

染色体: Chr05 坐标: 27454606-27457074 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002483
名称SmilChr05G002483
描述thioredoxin O2, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向27454606 - 27457074 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026255
GeneID131026255
locus_tag-
NCBI NameLOC131026255
原始查询LOC131026255

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述thioredoxin O2, mitochondrial-like
产物thioredoxin O2%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT2G35010 (TO1)
thioredoxin O1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818065]
identity=45; qcov=1.01; evalue=9.46e-49; confidence=medium
RiceOs06g0665900
-
identity=48.4; qcov=0.629; evalue=2.04e-38; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF00085 (Thioredoxin)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026255

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057812036.1
2 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.40000 XP_057812036.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057812036.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057812036.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057812036.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:27454842 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A15,D1
Chr5:27454938 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B109,B132,D10,D11
Chr5:27454997 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B29,B73,D8
Chr5:27455666 G GGT 2bp_insertion CDS_variant 1 B65
Chr5:27455825 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B110
Chr5:27456807 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 1 D10
Chr5:27456807 C CG 1bp_insertion CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812036.1
197 aa
N
1
98
197
Thioredoxin
C
PF00085 Thioredoxin 91-193 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057812036.1 Pfam PF00085 Thioredoxin Domain 91 193 3e-20 72.8 Thioredoxin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057956053.1
CAAAACTAATTTCTAGCTAAGCCCAAGCTTCTATCGAAATATCCTTTACTTTTTATTTACATTTCTCACTATCAAAAAATTCGAAATAGAAATCAATTTCTCTACCAAATTCGGTCAAAAAACCCTCCGGCGTCGGCCAACGAAGAAATGAAAATGAGAGGAGCTAGCGTGATCCTACGTCGTTTCGTAGGCCGTCGGGCGCCGTGCTTAGCCGCTCGATCGTCTTCTATCGGCGACCTTATTGTGTCCTCCGCCGCCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026255
ATGAAAATGAGAGGAGCTAGCGTGATCCTACGTCGTTTCGTAGGCCGTCGGGCGCCGTGCTTAGCCGCTCGATCGTCTTCTATCGGCGACCTTATTGTGTCCTCCGCCGCCGCCGCCGCTTCATACTCTACTCTGATCCTCGCCGAGGATGCCCGCCCACTTTTCGTTTCCGCAGTTGCCTCTGGCGCCGTCTCAGCTTTTCACCCCTTTTTCATGAATCAGTCCCGGAACTTCTCCTCTGCACCCTCGCCAGATTCATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057812036.1
MKMRGASVILRRFVGRRAPCLAARSSSIGDLIVSSAAAAASYSTLILAEDARPLFVSAVASGAVSAFHPFFMNQSRNFSSAPSPDSSKVVSIESEEQFNDSVRKAEEESQPSIFYFTAAWCGPCRLLSPMIGQLSEKYPHVTTYKIDIDKKGLENAVSKSNIHSVPTLHFFQNGKKAGEVIGADVERLKDTMEALYK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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