当前解析结果
SmilChr05G002483| 统一新 Gene ID | SmilChr05G002483 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G002483 |
| 描述 | thioredoxin O2, mitochondrial-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 27454606 - 27457074 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131026255 |
|---|---|
| GeneID | 131026255 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131026255 |
| 原始查询 | LOC131026255 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | thioredoxin O2, mitochondrial-like |
| 产物 | thioredoxin O2%2C mitochondrial-like |
| Arabidopsis | AT2G35010 (TO1)thioredoxin O1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818065] identity=45; qcov=1.01; evalue=9.46e-49; confidence=medium |
| Rice | Os06g0665900- identity=48.4; qcov=0.629; evalue=2.04e-38; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00085 (Thioredoxin) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131026255 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057812036.1 |
| 2 | Mitochondrion matrix | 线粒体基质 | 0.40000 | XP_057812036.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057812036.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057812036.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057812036.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:27454842 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A15,D1 |
Chr5:27454938 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B109,B132,D10,D11 |
Chr5:27454997 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B29,B73,D8 |
Chr5:27455666 |
G |
GGT |
2bp_insertion | CDS_variant | 1 | B65 |
Chr5:27455825 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B110 |
Chr5:27456807 |
C |
CG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | D10 |
Chr5:27456807 |
C |
CG |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | D10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057812036.1PF00085
Thioredoxin 91-193 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057812036.1 |
Pfam | PF00085 |
Thioredoxin | Domain | 91 | 193 | 3e-20 | 72.8 | Thioredoxin |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。