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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002548

染色体: Chr01 坐标: 43568349-43576987 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002548
名称SmilChr01G002548
描述uncharacterized SmilChr01G002548
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向43568349 - 43576987 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026290
GeneID131026290
locus_tag-
NCBI NameLOC131026290
原始查询LOC131026290

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述YTH family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826804]; symbol=AT4G11970; hit=AT4G11970; species=arabidopsis; confidence=high
产物YTH family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826804]; symbol=AT4G11970; hit=AT4G11970; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT4G11970 (AT4G11970)
YTH family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826804]
identity=47.7; qcov=1; evalue=7.29e-108; confidence=high
RiceOs06g0677700 (OsC3H45)
-
identity=48.9; qcov=0.346; evalue=1.89e-34; confidence=low
GOGO:0000398 (mRNA splicing, via spliceosome); GO:0003729 (mRNA binding); GO:0005654 (nucleoplasm); GO:0048024 (regulation of mRNA splicing, via spliceosome); GO:1990247 (N6-methyladenosine-containing RNA reader activity)
KEGG-
PfamPF04146 (YTH)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026290

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057812098.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057812098.1
3 Nuclear body 核内小体 0.20000 XP_057812098.1
4 Nuclear speckle 核斑点 0.20000 XP_057812098.1
5 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057812098.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:43572070 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,B121,D11
Chr1:43572307 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B49,B69
Chr1:43573347 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D4,D5
Chr1:43573350 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B139

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812098.1
396 aa
N
1
198
396
YTH
C
PF04146 YTH 70-205 aa
XP_057812106.1
396 aa
N
1
198
396
YTH
C
PF04146 YTH 70-205 aa
XP_057812114.1
396 aa
N
1
198
396
YTH
C
PF04146 YTH 70-205 aa
XP_057812124.1
396 aa
N
1
198
396
YTH
C
PF04146 YTH 70-205 aa
XP_057812132.1
396 aa
N
1
198
396
YTH
C
PF04146 YTH 70-205 aa
XP_057812141.1
396 aa
N
1
198
396
YTH
C
PF04146 YTH 70-205 aa
XP_057812148.1
396 aa
N
1
198
396
YTH
C
PF04146 YTH 70-205 aa
XP_057812157.1
396 aa
N
1
198
396
YTH
C
PF04146 YTH 70-205 aa
XP_057812163.1
396 aa
N
1
198
396
YTH
C
PF04146 YTH 70-205 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057812098.1 Pfam PF04146 YTH Domain 70 205 2.4e-50 170.5 YT521-B-like domain
XP_057812106.1 Pfam PF04146 YTH Domain 70 205 2.4e-50 170.5 YT521-B-like domain
XP_057812114.1 Pfam PF04146 YTH Domain 70 205 2.4e-50 170.5 YT521-B-like domain
XP_057812124.1 Pfam PF04146 YTH Domain 70 205 2.4e-50 170.5 YT521-B-like domain
XP_057812132.1 Pfam PF04146 YTH Domain 70 205 2.4e-50 170.5 YT521-B-like domain
XP_057812141.1 Pfam PF04146 YTH Domain 70 205 2.4e-50 170.5 YT521-B-like domain
XP_057812148.1 Pfam PF04146 YTH Domain 70 205 2.4e-50 170.5 YT521-B-like domain
XP_057812157.1 Pfam PF04146 YTH Domain 70 205 2.4e-50 170.5 YT521-B-like domain
XP_057812163.1 Pfam PF04146 YTH Domain 70 205 2.4e-50 170.5 YT521-B-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

9 records

下载 cDNA FASTA
XM_057956131.1
AAGATAAAAGGGCTTTTGTTTAGCGAATTGTTTGGGTAAATGAAATTAGGGCAGGCAGATCTTATCAGAACATTTTTTCACTTGCTACATTTGCTCGTTTCTCTCTCCTCTCTGTTTCACTCTCTCACCAAATCCCCCTCTATTCTCTCTCGTTCGACGAGCCAGGGGACTAACAAAGCATGCCGTCTGAGACTGCAAGAGAAGTTATACCCACTATCGATTTATTAGTCGCTGAATCCAAAAAAGACATGAGGAATTTG...
XM_057956141.1
ATTGTTTGGGTAAATGAAATTAGGGCAGGCAGATCTTATCAGAACATTTTTTCACTTGCTACATTTGCTCGTTTCTCTCTCCTCTCTGTTTCACTCTCTCACCAAATCCCCCTCTATTCTCTCTCGTTCGACGTCCTTGGGCTGTTGAACAGAATCCAGGCGCTTTCCGATCTACAGTCCCTTGGAGCGAAAGAGCCAGGGGACTAACAAAGCATGCCGTCTGAGACTGCAAGAGAAGTTATACCCACTATCGATTTATT...

CDS

9 records

下载 CDS FASTA
LOC131026290
ATGCCGTCTGAGACTGCAAGAGAAGTTATACCCACTATCGATTTATTAGTCGCTGAATCCAAAAAAGACATGAGGAATTTGCATGACTCAGTGCATCCAAGAGGTAGGTCAAATGAGGAAACATGCCACTCAGCAGATGAGGAGCAAGTGCATTCATGTGATCGGGTGGGAACGTCAAGTGAAATGAAGAAGAATAACTTGAATAATACAAGATATTTTGTTATCAAGAGCTTGAATCATCAAAATATTCAAATGTCAAT...
LOC131026290
ATGCCGTCTGAGACTGCAAGAGAAGTTATACCCACTATCGATTTATTAGTCGCTGAATCCAAAAAAGACATGAGGAATTTGCATGACTCAGTGCATCCAAGAGGTAGGTCAAATGAGGAAACATGCCACTCAGCAGATGAGGAGCAAGTGCATTCATGTGATCGGGTGGGAACGTCAAGTGAAATGAAGAAGAATAACTTGAATAATACAAGATATTTTGTTATCAAGAGCTTGAATCATCAAAATATTCAAATGTCAAT...

Protein

9 records

下载 Protein FASTA
XP_057812098.1
MPSETAREVIPTIDLLVAESKKDMRNLHDSVHPRGRSNEETCHSADEEQVHSCDRVGTSSEMKKNNLNNTRYFVIKSLNHQNIQMSIKKGIWATQVMNEPILEEAFQNSGKVILIFSVNMSGFFQGYAQMMSSVGWRRDNIWSQGSGKNNPWGRSFKVKWLRLHDLPFQRTLHLKNPWNEFKPVKISRDCQELPGDIGAALCELLDEGDDMDTNLFRDEISGDGFSGRRPYIEPFQSVQDEDFNVPPNPMHMSPLLYSSL...
XP_057812106.1
MPSETAREVIPTIDLLVAESKKDMRNLHDSVHPRGRSNEETCHSADEEQVHSCDRVGTSSEMKKNNLNNTRYFVIKSLNHQNIQMSIKKGIWATQVMNEPILEEAFQNSGKVILIFSVNMSGFFQGYAQMMSSVGWRRDNIWSQGSGKNNPWGRSFKVKWLRLHDLPFQRTLHLKNPWNEFKPVKISRDCQELPGDIGAALCELLDEGDDMDTNLFRDEISGDGFSGRRPYIEPFQSVQDEDFNVPPNPMHMSPLLYSSL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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