Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002523`

染色体: Chr05 坐标: 28061655-28066276 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002523`
名称	SmilChr05G002523
描述	uncharacterized SmilChr05G002523
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	28061655 - 28066276 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131026295`
GeneID	`131026295`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131026295`
原始查询	`LOC131026295`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ZPR1 zinc-finger domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833708]; symbol=AT5G37340; hit=AT5G37340; species=arabidopsis; confidence=high
产物	ZPR1 zinc-finger domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833708]; symbol=AT5G37340; hit=AT5G37340; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G37340` (AT5G37340) ZPR1 zinc-finger domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833708] identity=73.5; qcov=0.956; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os08g0471900` - identity=67.5; qcov=0.927; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF03367 (Zn_ribbon_ZPR1); PF22794 (jr-ZPR1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131026295

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057812103.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057812103.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057812103.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057812103.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057812103.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:28061914`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C85
`Chr5:28061944`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B94
`Chr5:28063850`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B82
`Chr5:28063978`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B55,B56,B65,B96
`Chr5:28064504`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B117,B46
`Chr5:28064838`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr5:28065162`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B65
`Chr5:28065169`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C42
`Chr5:28065433`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C62
`Chr5:28065583`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr5:28065814`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812103.1

505 aa

252

505

Zn_ribbon_ZPR1

jr-ZPR1

Zn_ribbon_ZPR1

jr-ZPR1

PF03367 Zn_ribbon_ZPR1 34-86 aa PF22794 jr-ZPR1 103-224 aa PF03367 Zn_ribbon_ZPR1 285-340 aa PF22794 jr-ZPR1 354-479 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057812103.1`	Pfam	`PF03367`	Zn_ribbon_ZPR1	Domain	34	86	1.4e-48	162.8	ZPR1 zinc-finger domain
`XP_057812103.1`	Pfam	`PF22794`	jr-ZPR1	Domain	103	224	7.2e-85	281.9	ZPR1 jelly-roll domain
`XP_057812103.1`	Pfam	`PF03367`	Zn_ribbon_ZPR1	Domain	285	340	1.4e-48	162.8	ZPR1 zinc-finger domain
`XP_057812103.1`	Pfam	`PF22794`	jr-ZPR1	Domain	354	479	7.2e-85	281.9	ZPR1 jelly-roll domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057956120.1
CCTTCTCACACTTTCTAGATTCTTACTCCTTTCAAAAATACCCGTTGGTTCTTCAACTCTCCGCCTCCTTCCCCTTCCTCCTCCCCCCGACTCTCTCTCTCTCGACCCAAAGAGCGAAGCCAGATACAGTGTAAAAGATTTGAGGAAGCAGTTATCGAGAGCAAACCTAAGTAATTGTATTTTCGAAGTTAAACTGTCAATGGAGACCAATCCAATAGCGCAGAGCAAGCCCCAAATCGTGGACGTGGGTTCTGTGGTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131026295
ATGGAGACCAATCCAATAGCGCAGAGCAAGCCCCAAATCGTGGACGTGGGTTCTGTGGTGGAGGCAATTTCGGCCGATGATTTCGACGCCCCCCTCTACGAAGTCGAGAGCCTCTGCATGCGCTGCCGGGAGAACGGGACAACTCGGTTCTTGCTAACTGTAATTCCACATTTCAGAAAGATATTGCTGTCAGCATTTGAATGTCCACATTGTGGTGAGAGGAATAATTATGTGCAATTCGCTGGTGAAATCCAGCCTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057812103.1
METNPIAQSKPQIVDVGSVVEAISADDFDAPLYEVESLCMRCRENGTTRFLLTVIPHFRKILLSAFECPHCGERNNYVQFAGEIQPKGCHYVLDVPSGDKKMFNRQVVKSETATIKIPELEFEIPPEAQCGSLSTVEGILVRAVEGLETLQEERKRVDPQTAEAIDKFLVKLRACASGESHFTFTLDDPAGNSFIENPCAPSSDPSLTIKFYEQTPEQQAALGYVADPSQREVGVENNLDGSNNVSLTQEEPHGSVGARA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器